Thông tư 94-TC/TCT Của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục, trình tự, thẩm quyền xét miễn, giảm thuế theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Nghị định số 29 ngày 12/5/95 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Khuyến khích đầu tư trong nước

CỦA BỘ TÀI CHÍNH SỐ: 94 TC/TCT NGÀY 22 THÁNG 12 NĂM 1995 HƯỚNG DẪN THỦ TỤC, TRÌNH TỰ, THẨM QUYỀN XÉT MIỄN, GIẢM THUẾ THEO LUẬT KHUYẾN KHÍCH ĐẦU TƯ TRONG NƯỚC VÀ NGHỊ ĐỊNH SỐ 29/CP NGÀY 12/5/1995 CỦA CHÍNH PHỦ QUY ĐỊNH CHI TIẾT THI HÀNH LUẬT KHUYẾN KHÍCH ĐẦU TƯ TRONG NƯỚC.

Căn cứ các Luật thuế hiện hành và Điều 18, Điều 19 Luật khuyến khích đầu tư trong nước; quy định tại chương III và các Điều 26, 27 Nghị định số 29/CP ngày 12/5/1995 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước, Bộ tài chính hướng dẫn thủ tục, trình tự, thẩm quyền xét miễn, giảm thuế đối với các chủ đầu tư trong nước như sau:

Các đối tượng được hưởng ưu đãi thuế theo Thông tư này là những đối tượng quy định tại Điều 4 Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Điều 1 Nghị định số 29/CP ngày 12/5/1995 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước, bao gồm:

1. Doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế:

- Doanh nghiệp Nhà nước;

- Doanh nghiệp của các tổ chức chính trị, xã hội;

- Hợp tác xã;

- Công ty trách nhiệm hữu hạn;

- Công ty cổ phần;

- Doanh nghiệp tư nhân.

2. Đơn vị kinh doanh hoạt động theo Nghị định số 66/HĐBT ngày 2/3/1992 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ).

3. Doanh nghiệp do người Việt Nam định cư ở nước ngoài đầu tư trực tiếp tại Việt Nam.

4. Doanh nghiệp của người nước ngoài cư trú lâu dài tại Việt Nam đầu tư trực tiếp tại Việt Nam.

Các đối tượng nêu tại điểm 1, 2, 3, 4 phải:

- Hoạt động đúng đăng ký kinh doanh;

- Thực hiện nghiêm chính các quy định về sử dụng chứng từ mua bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ do Bộ Tài chính quy định về chế độ kế toán, thống kê, đăng ký nộp thuế và kê khai nộp thuế đầu đủ theo pháp luật hiện hành.

5. Tổ chức, cá nhân mua cổ phần, góp vốn vào doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp Nhà nước được phép đa dạng hoá sở hữu.

1. Xét miễn, giảm thuế doanh thu, thuế lợi thức cho các cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập từ các dự án đầu tư theo quy định tại các Điều 16, 17, 18, 19 Nghị định số 29/CP ngày 12/5/1995 của Chính phủ:

Cơ sở mới thành lập tính từ thời điểm ngày 1/1/1995 (ngày Luật khuyến khích đầu tư trong nước có hiệu lực thi hành) là cơ sở mới được thành lập và được cấp giấy phép sản xuất, kinh doanh. Những cơ sở đã thành lập trước đây, nay chia, tách, sát nhập, đổi tên hoặc có đầu tư mở rộng, cải tạo, thay đổi, bổ sung mặt hàng, ngành nghề không thuộc đối tượng xét miễn, giảm thuế như đối với cơ sở mới thành lập.

1a. Thủ tục xét miễn, giảm thuế có cơ sở thuộc diện được miễn, giảm thuế phải gửi hồ sơ cho cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết, hồ sơ gồm có:

- Quyết định hay giấy phép đăng ký kinh doanh;

- Đăng ký nộp thuế;

- Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ Kế hoạch và Đầu tư hoặc Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cấp (sau đây gọi chung cấp tỉnh)

Đơn trình bày của cơ sở có kèm theo xác nhận và ý kiến đề nghị cụ thể của Cục thuế cấp tỉnh hoặc Chi cục thuế (nếu thuộc thẩm quyền của Cục thuế giải quyết);

- Biên bản kiểm tra quyết toán thuế kèm theo quyết toán của năm xét miễn, giảm thuế.

1b. Trình tự và thẩm quyền xét miễn, giảm thuế:

Cơ sở sản xuất, kinh doanh gửi hồ sơ xin miễn, giảm thuế đến cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết. Trong thời hạn tốt đa là 30 ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan có thẩm quyền giải quyết phải quyết định miễn, giảm thuế, hoặc thông báo cho cơ sở sản xuất, kinh doanh lý do chưa giải quyết hoặc không giải quyết.

Thẩm quyền xét miễn, giảm thuế:

- Cục trưởng Cục thuế xét và quyết định miễn, giảm thuế doanh thu đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh địa phương quản lý và có mức giảm thuế doanh thu bình quân đến 5 triệu đồng/tháng; có mức miễn hoặc giảm thuế lợi tức đến 50 triệu đồng/năm.

- Tổng cục trưởng Tổng cục thuế xét và quyết định miễn, giảm thuế doanh thu đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh do địa phương quản lý và các cơ sở sản xuất, kinh doan do địa phương quản lý có mức giảm thuế doanh thu bình quân trên 5 triệu đồng/tháng; có mức giảm hoặc miễn thuế lợi tức trên 50 triệu đồng/năm.

- Bộ trưởng Bộ Tài chính xét và quyết định các trường hợp có mức giảm thuế doanh thu bình quân trên 50 triệu đồng/tháng; có mức miễn hoặc giảm thuế lợi tức trên 100 triệu đồng/năm.

Việc giảm thuế doanh thu; miễn, giảm thuế lợi tức được tiến hành hàng năm sau khi kết thúc năm sản xuất, kinh doanh. Để tránh những khó khăn cho công tác quản lý thu cũng như cho cơ sở sản xuất, kinh doanh, trong năm thuộc thời gian được xét miễn, giảm thuế, thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp quản lý kiểm tra cụ thể quyết định hay giấy phép đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, đối chiếu với các tiêu chuẩn, điều kiện cụ thể quy định tại Nghị định số 29/CP để quyết định tạm thời không thu thuế hàng tháng (cho trường hợp được xét miễn thuế lợi tức); hay tạm hoãn nộp không quá 50% số thuế doanh thu hoặc thuế lợi tức phải tạm nộp hàng tháng cho cơ sở sản xuất, kinh doanh.

1c. Các vấn đề khác cơ liên quan:

a) Các quy định miễn, giảm thuế đối với những cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập thuộc diện ưu đãi đầu tư tại các Điều 16, 17, 18, 19 Nghị định số 29/CP là tập hợp toàn bộ các khoản miễn, giảm thuế doanh thu, thuế lợi tức đã được quy định tại Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Luật thuế doanh thu, Luật thuế lợi tức hiện hành về điều kiện mới thành lập. Do đó, đối với các cơ sở mới thành lập từ ngày 1/1/1995, đồng thời thuộc dự án ưu đãi đầu tư theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước thì cơ quan có thẩm quyền chỉ xét miễn, giảm thuế doanh thu, thế lợi tức theo tỉ lệ (%) và thời gian miễn, giảm qui định tại Điều 16, 17, 18, 19 Nghị định số 29/CP (về điều kiện mới thành lập).

Các cơ sở sản xuất mới thành lập, nhưng không đủ điều kiện được hưởng ưu đãi theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Nghị định số 29/CP, thì tiếp tục được xét miễn, giảm thuế theo Luật thuế doanh thu, Luật thuế lợi tức và văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành của Chính phủ, của Bộ Tài chính về các Luật thuế đó.

b) Theo quy định tại Điều 28 Nghị định số 29/CP thì những cơ sở sản xuất, kinh doanh thuộc diện ưu đãi đầu tư đã được thành lập trước khi Luật khuyến khích đầu tư trong nước có hiệu lực, thì được hưởng chế độ ưu đãi đầu tư trong thời gian còn lại, kể từ ngày 1/1/1995. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh này căn cứ vào ngành, nghề kinh doanh, mặt hàng kinh doanh đã được quy định trong quyết định, giấy phép thành lập hoặc đăng ký kinh doanh và Nghị định 29/CP, Bộ Kế hoạch và Đầu tư hoặc Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh xét cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì khi xin miễn, giảm thuế cũng phải gửi hồ sơ miễn, giảm thuế tới cơ quan có thẩm quyền, gồm các thủ tục như hướng dẫn tại mục II (khoản 1) nêu trên để được xét miễn, giảm thuế doanh thu, thuế lợi tức theo Nghị định số 29/CP và được hưởng ưu đãi tiếp với số thuế được miễn hay giảm trong thời gian còn lại, kể từ ngày 1/1/1995. Nhà nước không hoàn trả bất kỳ khoản thuế hay nghĩa vụ đóng góp khác mà cơ sở phải thực hiện trong thời gian trước khi Luật khuyến khích đầu tư trong nước có hiệu lực thi hành (1/1/1995).

Ví dụ: Công ty sản xuất thực phẩm đóng hộp A (ở tỉnh đồng bằng) được thành lập trước ngày 1/1/1995, đến nay công ty A được Uỷ ban nhân dân thành phố cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi thuế theo khoản 1, Điều 16 Nghị định số 29/CP, cụ thể như sau:

- Được giảm 50% thuế doanh thu trong 1 năm (kể từ tháng có doanh thu thuế).

- Miễn thuế lợi tức từ 2 năm đầu (kể từ khi có lợi tức chịu thuế) và giảm 50% số thuế lợi tức phải nộp trong 4 năm tiếp theo.

Giả sử có mấy trường hợp sau:

a) Công ty thành lập, hoạt động và có doanh thu từ tháng 1/1994, có lãi ngay trong năm 1994 thì:

- Thuế doanh thu: Công ty A đã hết hạn được giảm (tính từ 01/01/1994 là tháng bắt đầu có doanh thu đến 01/01/1995 đã hết 1 năm).

- Thuế lợi tức: Được miễn 1 năm 1995 và giảm 50% trong 4 năm 1996, 1997, 1998, 1999.

b) Công ty thành lập, hoạt động và có doanh thu từ 01/01/1993, có lãi ngay trong năm 1993 thì:

- Thuế doanh thu: Tính đến ngày 01/01/1995, Công ty đã qua hai năm hoạt động (kể từ tháng có doanh thu), do đó công ty không còn thời hạn được giảm thuế doanh thu.

- Thuế lợi tức: Công ty được giảm 50% thuế trong thời gian 4 năm 1995, 1996, 1997, 1998.

c) Công ty thành lập, hoạt động và có doanh thu từ 01/01/1992, 2 năm 1992, 1993 đều bị lỗ. Năm 1994 bắt đầu có lãi:

- Thuế doanh thu: không được giảm vì đến 01/01/1995 công ty đã qua 3 năm hoạt động (kể từ tháng có doanh thu).

- Thuế lợi tức: được miễn năm 1995; giảm 50% trong 4 năm: 1996, 1997, 1998, 1999.

2. Miễn thuế lợi tức trong trường hợp tái đầu tư thêm và tái đầu tư mở rộng.

Theo quy định tại Điều 20, Nghị định số 29/CP, cơ sở sản xuất, kinh doanh bỏ thêm vốn đầu tư hoặc sử dụng lợi nhuận còn lại để tái đầu tư mở rộng quy mô, nâng cao năng lực sản xuất, đổi mới công nghệ được miễn thuế lợi tức cho phần lợi nhuận tăng thêm của năm tiếp theo cho đầu tư mang lại.

Để được miễn thuế lợi tức theo quy định trên, cơ sở sản xuất, kinh doanh phải bảo đảm đủ các điều kiện sau:

- Có thực chi về đầu tư và tái đầu tư, không kể nguồn vốn ngân sách, nguồn vốn tự bổ sung bằng vốn đầu tư xây dựng cơ bản, quỹ khuyến khích phát triển sản xuất.

- Đầu tư và tái đầu tư phải gắn liền với hiệu quả đem lại, thể hiện ở số lợi tức đạt được cao hơn năm trước.

- Mức miễn, giảm thuế lợi tức bằng chênh lệch giữa lợi tức của năm sau và lợi tức của năm trước (năm có đầu tư), nhưng tối đa không vượt quá phần lợi nhuận tăng thêm, tính theo tỷ lệ tăng vốn đầu tư.

2a. Thủ tục và thẩm quyền xét miễn thuế:

Cơ sở sản xuất, kinh doanh thuộc diện được miễn thuế trong trường hợp tái đầu tư thêm và tái đầu tư mở rộng phải có đầy đủ các thủ tục sau:

- Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ Kế haọch và Đầu tư hoặc Uỷ ban nhân dân tỉnh cấp.

- Đơn đề nghị giải trình rõ lý do xin miễn thuế, kèm theo biên bản kiểm tra và kiến nghị của cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

- Những tài liệu liên quan đến đầu tư bao gồm:

+ Đối với những doanh nghiệp Nhà nước là luận chứng kinh tế - kỹ thuật của phương án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt; quyết toán công trình và nguồn vốn xây dựng.

+ Đối với công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần là phương án hay luận chứng đầu tư được hội đồng quản trị phê duyệt; quyết toán công trình và nguồn vốn xây dựng.

+ Đối với doanh nghiệp tư nhân là hợp đồng và bản quyết toán hợp đồng xây dựng và lắp đặt thiết bị; trường hợp tự xây dựng, phải xuất trình hoá đơn mua vật tư, máy móc, thiết bị và thực tế máy móc, thiết bị này đã được lắp đặt đưa vào sử dụng.

- Báo cáo quyết toán năm đầu tư, kèm theo là biên bản nghiệm thu, thanh toán công trình và báo cáo quyết toán năm sau năm đầu tư.

Thẩm quyền xét miễn thuế cho cơ sở sản xuất, kinh doanh thuộc diện được miễn thuế lợi tức do tái đầu tư thêm và tái đầu tư mở rộng thực hiện như quy định tại điểm 1(1b), mục II Thông tư này.

2b. Để giảm bớt khó khăn và khuyến khích các cơ sở sản xuất, kinh doanh tái đầu tư thêm và tái đầu tư mở rộng, trong năm được xét miễn thuế, cơ sở sản xuất, kinh doanh được tạm giữ lại một phần thuế lợi tức phải nộp không vượt quá 50% số thuế lợi tức của phần lợi nhuận tăng thêm theo luận chứng đầu tư và không quá 30% số thuế lợi tức phải nộp theo kế hoạch năm.

Ví dụ: Công ty A có tình hình:

+ Năm 1995 tự huy động vốn để đầu tư mở rộng sản xuất, tỷ lệ tăng số vốn so với vốn năm trước là 20%.

+ Tổng lợi nhuận năm 1996 đạt 500 triệu đồng và so với năm 1995 cao hơn 110 triệu đồng. Như vâỵ, số lợi nhuận tăng thêm được miễn thuế do bỏ thêm vốn đầu tư chỉ được hưởng là 500 triệu x 20% = 100 triệu đồng, không phải là 110 triệu đồng.

+ Cũng ví dụ trên, giả sử số lợi nhận năm 1996 chỉ cao hơn số lợi nhuận của năm 1995 là 80 triệu đồng, thì công ty A chỉ được miễn thuế lợi tức cho phần lợi nhuận tăng thêm là 80 triệu đồng, không phải là 100 triệu đồng.

3. Miễn thuế lợi tức hoặc thuế thu nhập đối với lợi tức thu nhập được của tổ chức, cá nhân mua cổ phần, góp vốn vào các doanh nghiệp.

Theo quy định tại Điều 22 Nghị định số 29/CP ngày 12/5/1995 của Chính phủ thì tổ chức, cá nhân (đối tượng nêu tại mục I Thông tư này) mua cổ phần, góp vốn vào các doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp Nhà nước được phép đa dạng hoá sở hữu, được miễn thuế lợi tức hoặc thuế thu nhập cá nhân, kể cả thuế thu nhập bổ sung đối với người có thu nhập cao, đối với phần lợi tức được hưởng từ cổ phần, góp vốn trong thời hạn 3 năm, kể từ khi được hưởng lần đầu (tính liên tục trong 36 tháng), không loại từ có tháng không có lợi tức.

- Cần lưu ý: đối tượng được miễn thuế theo quy định này là tổ chức, cá nhân được hưởng lợi tức do các doanh nghiệp trả từ việc mua cổ phần hay góp vốn vào các doanh nghiệp. Trừ trường hợp đã được quy định không phải nộp thuế trong Luật thuế lợi tức, Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao và các văn bản quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành của Chính phủ và Bộ Tài chính, tổ chức, cá nhân có lợi tức thuộc diện chịu thuế phải khai báo cụ thể và xuất trình đầy đủ với cơ quan có thẩm quyền các căn cứ chứng minh về cổ phần, góp vốn doanh nghiệp, lợi tức và các quyền lợi tài chính khác được hưởng.

Lợi tức được chia cho các tổ chức, cá nhân mua cổ phần hay góp vốn vào các doanh nghiệp là lợi tức sau khi doanh nghiệp đã nộp thuế lợi tức.

Thủ tục, trình tự và thẩm quyền xét miễn, giảm thuế trong trường hợp này như sau:

- Doanh nghiệp nhận góp vốn hoặc bán cổ phần phải có thông báo cho cơ quan thuế quận, huyện, thị xã, nơi quản lý tổ chức, cá nhân góp vốn hay mua cổ phần về số vốn góp hay giá trị cổ phần cùng với quyết định chia lãi của doanh nghiệp (có lưu tại doanh nghiệp).

- Tổ chức cá nhân góp vốn hay mua cổ phần thuộc đối tượng nộp thuế phải khai báo với cơ quan thuế địa phương về nơi góp vốn, mua cổ phần, giá trị vốn góp hay cổ phần và phần lãi được hưởng, kèm theo đơn trình bày đề nghị miễn thuế có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý để gửi đến Cục thuế tỉnh, thành phố.

- Cục thuế tỉnh, thành phố quyết định miễn thuế trong thời hạn chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ. Trường hợp chưa giải quyết hay không giải quyết miễn thuế phải thông báo rõ lý do cho tổ chức, cá nhân nộp đơn biết.

Việc miễn thuế được giải quyết cho từng tổ chức, cá nhân với toàn bộ số lợi tức riêng biệt thu được từ việc mua từng cổ phần, góp từng khoản vốn vào doanh nghiệp trong thời gian liên tục là 3 năm.

Ví dụ: Công ty có 3 khoản lợi tức do mua cổ phần phát sinh bắt đầu từ các tháng 1, 5 và tháng 10 năm 1995.

Quyết định miễn thuế lợi tức sẽ được tính:

- Miễn thuế khoản lợi tức cổ phần phát sinh vào tháng 5/1995 trong 3 năm liên tục (đến tháng 5/1998).

- Miễn thuế khoản lợi tức cổ phần phát sinh vào tháng 1/1995 trong 3 năm liên tục (đến tháng 1/1998).

4. Xét miễn thuế nhập khẩu máy móc, thiết bị:

Thủ tục xét miễn thuế nhập khẩu trường hợp này bao gồm:

- Giấy phép nhập khẩu do Bộ Thương mại cấp.

- Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu (nếu là hàng nhập khẩu uỷ thác).

- Tờ khai nhập khẩu do cơ quan hải quan cấp (đã thanh khoản và tính thuế).

- Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ Kế hoạch và Đầu tư hoặc Uỷ ban nhân dân tỉnh duyệt.

Dự án đầu tư và danh mục thiết bị, máy móc, phụ tùng được bộ chủ quản hay Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh duyệt.

- Xác nhận của Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường về máy móc thiết bị và phụ tùng là loại hiện đại trong nước chưa sản xuất được.

Thiết bị, máy móc và phụ tùng nhập khẩu để sử dụng cho các dự án đầu tư nên trên, sau khi được miễn thuế nhập khẩu, nếu sử dụng không đúng mục đích, thì trong thời hạn chậm nhất là 2 ngày, chủ dự án khai báo với cơ quan hải quan nơi đã làm thủ tục nhập khẩu lô hàng để nộp số thuế nhập khẩu đã được miễn. Trường hợp cố ý không khai báo, thì ngoài việc truy nộp thuế nhập khẩu được miễn, còn bị phạt từ 2 đến 5 lần tính trên số thuế phải nộp.

Thẩm quyền giải quyết miễn thuế nhập khẩu quy định tại điểm này do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định.

Theo quy định tại Điều 23, Nghị định số 29/CP thì người Việt Nam ở nước ngoài bỏ vốn đầu tư theo các hình thức quy định tại Điều 4 Luật khuyến khích đầu tư trong nước, khi chuyển lợi nhuận ra nước ngoài phải nộp khoản thuế bằng 5% số tiền chuyển ra nước ngoài. Cách xác định số thuế phải nộp, thủ tục nộp thuế thực hiện theo điểm 2, 3 mục II, Thông tư số 51 TC/TCT ngày 3/7/1993 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định về thuế áp dụng đối với xí nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.

- Sau khi được hưởng các ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này, nếu có sự thay đổi chủ đầu tư, thì chủ đầu tư mới vẫn tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế trong thời gian còn lại theo quy định đối với dự án đầu tư đó và có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ để được hưởng ưu đãi thuế đã đăng ký.

- Trường hợp đã được xét được hưởng ưu đãi về thuế theo những điều kiện đã đăng ký của dự án đầu tư, nhưng trong quá trình thực hiện, chủ đầu tư có sự thay đổi về những điều kiện đã đăng ký dẫn đến thay đổi về chế độ ưu đãi thuế theo Nghị định số 29/CP, thì chậm nhất trong thời hạn 5 ngày, Chủ đầu tư phải khai báo với cơ quan có thẩm quyền giải quyết ưu đã thuế để thay đổi quyết định ưu đãi, bổ sung hoặc bãi bỏ một phần hay toàn bộ các ưu đãi thuế đã được quyết định.

- Chủ đầu tư có hành vi gian dối để được hưởng chế độ ưu đãi thuế không khai báo khi thay đổi điều kiện đầu tư, cố ý thay đổi về uu đãi thuế theo hướng đẫn tại Thông tư này, thì ngoài việc phải hoàn trả các khoản ưu đãi thuế đã được hưởng, chủ đầu tư sẽ bị xử lý hành chính hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

- Cán bộ thuế, cá nhân khác lợi dụng chức vụ, quyền hạn, cố ý chứng nhận hoặc làm sai theo quy định của Thông tư này để chủ đầu tư được hưởng ưu đãi về thuế, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước, thì tuỳ theo mức độ vi phạm nhẹ hoặc nặng mà bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

- Cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm chỉ đạo và quản lý chặt chẽ các dự án đầu tư được triển khai theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước, các điều kiện mà chủ đầu tư đã đăng ký đối với từng dự án thuộc địa bàn quản lý, có liên quan đến chế độ ưu đãi miễn, giảm thuế, một mặt tạo điều kiện thuận lợi cho các chủ đầu tư trong quá trình triển khai dự án, mặt khác kịp thời phát hiện, ngăn chặn các hành vi lợi dụng để trốn, lậu thuế.

- Cơ quan thuế phải lập sổ sách theo dõi, lưu giữ đầy đủ các tài liệu liên quan đến việc xét miễn, giảm thuế cho từng dự án đầu tư.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày ký, Những hướng dẫn về thủ tục, trình tự, thẩm quyền miễn, giảm thuế đối với các trường hợp miễn, giảm thuế không thuộc đối tượng điều chỉnh của Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Nghị định số 29/CP vẫn thực hiện theo các văn bản hướng dẫn hiện hành.