Quyết định 1161/QĐ-CT 2026 ban hành quy trình kiểm tra thuế
|
BỘ TÀI CHÍNH Số: 1161/QĐ-CT |
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Hà Nội, ngày 14 tháng 8 năm 2026 |
QUYẾT ĐỊNH
BAN HÀNH QUY TRÌNH KIỂM TRA THUẾ
_________________
CỤC TRƯỞNG CỤC THUẾ
Căn cứ Luật Xử lý vi phạm hành chính số 15/2012/QH13 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 67/2020/QH14 và Luật số 88/2025/QH15;
Căn cứ Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15;
Căn cứ Nghị định số 125/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 102/2021/NĐ-CP, Nghị định số 310/2025/NĐ-CP và Nghị định số 291/2026/NĐ-CP;
Căn cứ Nghị định số 118/2021/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành luật xử lý vi phạm hành chính được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 68/2025/NĐ-CP và Nghị định số 190/2025/NĐ-CP;
Căn cứ Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế;
Căn cứ Thông tư số 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế;
Căn cứ Thông tư số 94/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định áp dụng quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế;
Căn cứ Quyết định số 381/QĐ-BTC ngày 26/02/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Thuế được sửa đổi, bổ sung bởi Quyết định số 1892/QĐ-BTC và Quyết định số 2229/QĐ-BTC.
Theo đề nghị của Trưởng ban Ban Kiểm tra.
Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Quy trình kiểm tra thuế.
Điều 2. Hiệu lực thi hành và điều khoản chuyển tiếp
1. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 14 tháng 8 năm 2026. Kể từ ngày Quyết định này có hiệu lực, Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14 tháng 7 năm 2023 của Tổng Cục trưởng Tổng cục Thuế về việc ban hành Quy trình kiểm tra thuế hết hiệu lực thi hành, trừ trường hợp quy định tại điểm a khoản 2 Điều này.
Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp, Thủ trưởng các đơn vị thuộc Cục Thuế và các tổ chức, cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.
2. Điều khoản chuyển tiếp
a) Đối với các cuộc kiểm tra có Quyết định kiểm tra được ban hành trước ngày 01 tháng 7 năm 2026 nhưng đến thời điểm Quyết định này có hiệu lực chưa ban hành kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý thì tiếp tục thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, các văn bản hướng dẫn thi hành và Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14 tháng 7 năm 2023.
b) Đối với các cuộc kiểm tra có Quyết định kiểm tra được ban hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2026 đến trước ngày Quyết định này có hiệu lực, nhưng đến thời điểm Quyết định này có hiệu lực chưa ban hành kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý thì thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành. Kể từ ngày Quyết định này có hiệu lực, các bước công việc tiếp theo chưa thực hiện đối với các cuộc kiểm tra nêu Trên được thực hiện theo Quy Trình ban hành kèm theo Quyết định này.
c) Đối với các cuộc kiểm tra có Quyết định kiểm tra được ban hành kể từ ngày Quyết định này có hiệu lực thì thực hiện theo Quy trình ban hành kèm theo Quyết định này./.
|
BỘ TÀI CHÍNH |
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM |
QUY TRÌNH
KIỂM TRA THUẾ
(Kèm theo Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14 tháng 8 năm 2026 của Cục Thuế)
Chương I
QUY ĐỊNH CHUNG
Điều 1. Mục đích
1. Tăng cường công tác kiểm tra thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế trên cơ sở áp dụng cơ chế quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế, ứng dụng công nghệ thông tin vào kiểm tra thuế nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời những vi phạm về thuế, chống thất thu thuế.
2. Nâng cao tính tự giác tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế trong việc thực hiện quy định pháp luật trong Kiểm tra thuế.
3. Quy trình quy định nội dung và các bước công việc nhằm đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế trong lĩnh vực kiểm tra; hướng dẫn cơ quan thuế, công chức thuế làm công tác kiểm tra. Thực hiện cải cách hành chính trong việc kiểm tra thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế phát triển sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.
Điều 2. Phạm vi áp dụng
Quy trình này quy định về trình tự, thủ tục thực hiện kiểm tra thuế của cơ quan thuế, công chức thuế trong các trường hợp sau:
1. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
Người nộp thuế có hồ sơ thuế được phân loại rủi ro cao thuộc trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, trừ trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều này.
2. Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế:
a) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp: Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế (còn gọi là kiểm tra hoàn thuế).
b) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế.
c) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên quyết định; kiểm tra chuyên đề phát sinh trong năm do Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp quyết định (còn gọi là kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề).
d) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.
đ) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực Mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.
e) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
g) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.
h) Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
Điều 3. Đối tượng áp dụng
Quy trình này áp dụng cho Thủ trưởng cơ quan thuế, bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế, đoàn kiểm tra thuế theo quyết định của người có thẩm quyền, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp.
Điều 4. Giải thích từ ngữ
Những từ ngữ sử dụng trong quy trình được hiểu như sau:
1. Cơ quan thuế trong quy trình bao gồm: Cục Thuế; Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn; Chi cục Thuế thương mại điện tử; Thuế tỉnh, thành phố; Thuế cơ sở.
2. Thủ trưởng cơ quan thuế: là Cục trưởng Cục Thuế; Chi cục trưởng Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn; Chi cục trưởng Chi cục Thuế thương mại điện tử; Trường Thuế tỉnh, thành phố; Trường Thuế cơ sở.
3. Lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, tại trụ sở người nộp thuế (gọi tắt là lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế): là người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan thuế được giao phụ trách công tác kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, tại trụ sở người nộp thuế.
4. Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế: là người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Ban, Phòng thuộc Chi cục và tương đương, Thuế cơ sở được giao chức năng, nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế thuộc cơ quan thuế các cấp.
5. Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: là người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Ban, Phòng thuộc Chi cục và tương đương, Thuế cơ sở được giao chức năng, nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế thuộc cơ quan thuế các cấp.
6. Bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế (gọi tắt là bộ phận kiểm tra thuế) bao gom:
a) Bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế (gọi tắt là Bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế): Tại Cục Thuế là Ban kiểm tra; Tại Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn và Chi cục Thuế thương mại điện tử là các Phòng được giao chức năng kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Tại Thuế tỉnh, thành phố là các Phòng Quản lý và hỗ trợ doanh nghiệp, các Phòng Thuế cá nhân, hộ kinh doanh và thu khác. Tại Thuế cơ sở là các Tổ Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp, các Tổ Quản lý, hỗ trợ cá nhân, hộ kinh doanh và các tổ khác được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
b) Bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế (gọi tắt là Bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế): Tại Cục Thuế là Ban Kiểm tra; Tại Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn và Chi cục Thuế thương mại điện tử là các Phòng được giao chức năng kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Tại Thuế tỉnh, thành phố là các Phòng kiểm tra. Tại Thuế cơ sở là các Tổ Kiểm tra; các tổ Quản lý, hỗ trợ cá nhân, hộ kinh doanh và các tổ khác được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
7. Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế: là công chức thuộc biên chế cơ quan thuế các cấp được giao thực hiện nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế; Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: là công chức thuộc biên chế cơ quan thuế các cấp được giao thực hiện nhiệm vụ kiểm tra thuế tại Trụ sở người nộp thuế (gọi tắt là công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế).
8. Người nộp thuế trong quy trình được hiểu theo quy định tại khoản 1 Điều 2 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành bao gồm: Tổ chức; Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh; cá nhân có thu nhập chịu thuế theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân.
9. Hồ sơ thuế trong Quy trình này được hiểu theo quy định tại khoản 9 Điều 4 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 là các hồ sơ liên quan đến việc kê khai thuế, nộp thuế của người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý, hóa đơn điện tử của người nộp thuế.
10. Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế được hiểu theo quy định tại khoản 13 Điều 3 Thông tư số 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 của Bộ Tài chính quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế.
Điều 5. Quy định về cập nhật dữ liệu, thông tin vào các phần mềm, ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ cho công tác kiểm tra thuế.
1. Bộ phận kiểm tra thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế và bộ phận có liên quan theo phân công, phân nhiệm thực hiện cập nhật kịp thời, đầy đủ các thông tin, dữ liệu, kết quả kiểm tra của người nộp thuế vào các phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ cho công tác kiểm tra.
2. Bộ phận kiểm tra thuế và công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế sử dụng dữ liệu kê khai thuế của người nộp thuế, dữ liệu hóa đơn điện tử và những dữ liệu thông tin của người nộp thuế đã được cập nhật vào hệ thống dữ liệu của ngành thuế để phục vụ cho việc kiểm tra các hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế.
3. Lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế có trách nhiệm thường xuyên nắm bắt và đôn đốc bộ phận kiểm tra thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thực hiện nghiêm túc các công việc trên nhằm mục đích triển khai tốt công tác quản lý, kiểm tra thuế theo cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế.
Chương II
NỘI DUNG QUY TRÌNH
Mục 1
KIỂM TRA THUẾ TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN THUẾ
Điều 6. Nguyên tắc áp dụng
Việc kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế được dựa trên nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin, kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử cụ thể như sau:
1. Các loại hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế được rà soát để kiểm tra theo cơ chế áp dụng quản lý rủi ro và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
2. Đối với các loại hồ sơ thuế đã có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra thì sử dụng ứng dụng công nghệ thông tin của ngành thuế để rà soát, đánh giá rủi ro, kiểm tra các hồ sơ thuế rủi ro cao, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, xác định tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế để xử lý theo quy định của pháp luật.
3. Đối với các loại hồ sơ thuế chưa có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trong quá trình quản lý thực hiện rà soát, đánh giá rủi ro, kiểm tra các hồ sơ thuế rủi ro cao, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, xác định tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế để xử lý theo quy định của pháp luật.
Điều 7. Tiếp nhận, lập danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đối với người nộp thuế là Tổ chức.
1. Tiếp nhận danh sách kiểm tra hồ sơ thuế từ Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế.
Việc xác định danh sách người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao để kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được tuân theo quy định tại Quy trình áp dụng quản lý rủi ro trong lựa chọn hồ sơ khai thuế do Cục Thuế ban hành.
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao cần kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được Lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế phê duyệt trên Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro, Bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tiếp nhận danh sách kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 8 Quy trình này.
2. Tiếp nhận danh sách kiểm tra đối với người nộp thuế có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn.
Việc xác định danh sách người nộp thuế có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn cần kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được tuân theo Quy trình áp dụng quản lý rủi ro đánh giá, xác định người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn và các văn bản hướng dẫn của Cục Thuế.
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn đã được Lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế phê duyệt trên ứng dụng quản lý rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn, Bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tiếp nhận danh sách người nộp thuế cần kiểm tra và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 8 Quy trình này.
3. Lập danh sách kiểm tra hồ sơ thuế qua thực tế quản lý thuế:
Trường hợp chưa có ứng dụng hỗ trợ đánh giá rủi ro hoặc qua thực tế quản lý thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao, thì thực hiện lập danh sách theo trình tự sau:
a) Thu thập thông tin và lập phiếu đề xuất: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế căn cứ vào dấu hiệu như: Hóa đơn, các biến động bất thường về doanh thu, chi phí, dòng tiền... của người nộp thuế hoặc thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (ngân hàng, cơ quan thanh tra, kiểm toán...), thực hiện rà soát, đối chiếu, phân tích thông tin đã thu thập với cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế, quy định pháp luật về thuế; lập Phiếu đề xuất kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 01/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này. Phiếu đề xuất kiểm tra phải được mô tả cụ thể hành vi hoặc dấu hiệu rủi ro phát hiện và tổng hợp vào Danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý.
b) Trình Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế toàn bộ hồ sơ rủi ro đã thu thập. Lãnh đạo bộ phận có trách nhiệm xem xét, thẩm định tính xác thực của dấu hiệu rủi ro để ký xác nhận.
c) Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét, phê duyệt và phân công Danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế qua thực tế quản lý cho công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 02/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này. Danh sách được phê duyệt là căn cứ để Bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung, thông tin tài liệu.
4. Danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại khoản 1, khoản 2, khoản 3 Điều này cần kết hợp với kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để thực hiện, đảm bảo tránh trùng lặp trong kiểm tra. Thứ tự ưu tiên thực hiện khi có trùng lặp: (1) danh sách thuộc kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, (2) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại khoản 1, khoản 2, khoản 3 Điều này. Trường hợp người nộp thuế đã được kiểm tra thuế theo kế hoạch, chuyên đề tại trụ sở người nộp thuế nhưng có hồ sơ thuế rủi ro cao thì lựa chọn lập danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế đối với các nội dung và thời kỳ chưa được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
5. Danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể điều chỉnh tùy thuộc vào thực tế phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp quyết định.
Điều 8. Xử lý danh sách kiểm tra người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế đối với người nộp thuế là Tổ chức
1. Phân công kiểm tra hồ sơ thuế đã được duyệt
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế phải kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt Danh sách phân công người nộp thuế cho công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế chịu trách nhiệm thực hiện việc kiểm tra (trường hợp Danh sách kiểm tra được duyệt qua thực tế quản lý, Thủ trưởng cơ quan thuế đã thực hiện phân công cùng lúc khi phê duyệt danh sách).
2. Trình tự rà soát, kiểm tra.
a) Bước 1: Rà soát hồ sơ thuế
a.1) Trên cơ sở danh sách người nộp thuế có rủi ro cao đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt phân công. Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện rà soát các nội dung rủi ro cao theo kết quả phân tích, đánh giá rủi ro từ ứng dụng. Hệ thống ứng dụng hỗ trợ đưa ra các chỉ số tiêu chí có rủi ro cao. Việc rà soát các nội dung rủi ro được thực hiện thông qua đối chiếu, so sánh, phân tích nội dung rủi ro cao của hồ sơ thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế, quy định pháp luật về thuế liên quan đến số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:
- Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế.
- Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có).
- Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) của kỳ kê khai trước.
- Rà soát hóa đơn điện tử của người nộp thuế mua vào, bán ra.
- Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.
a.2) Kết thúc rà soát: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phải nhận xét hồ sơ thuế theo Mẫu số 03/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này đối với các nội dung đã thực hiện rà soát.
a.3) Đối với hồ sơ thuế ứng dụng cảnh báo rủi ro cao nhưng kết quả rà soát thực tế không có dấu hiệu vi phạm: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế lập danh sách hồ sơ thuế chưa phát hiện khai sai, không chính xác cùng phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 03/QTKT-TC báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
Thực hiện Bước 2 sau đây đối với các hồ sơ rà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác
Đối với danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý cơ quan thuế không thực hiện Bước rà soát mà ban hành thông báo lần 1 theo trình tự dưới đây.
b) Bước 2: Ban hành thông báo (lần 1) và xử lý kết quả sau khi ban hành Thông báo lần 1
b.1) Ban hành thông báo (lần 1)
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế qua rà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác từ bước 1 chuyển sang hoặc từ danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Thông báo (lần 1) theo Mẫu số 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua rà soát hồ sơ thuế.
Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu lần 1:
- Tờ trình kèm theo.
- Dự thảo thông báo lần 1 (Mẫu số 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
- Bản nhận xét hồ sơ thuế.
- Hồ sơ thuế.
Thời hạn người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.
b.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 1
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế xử lý như sau:
c) Bước 3: Ban hành thông báo (lần 2) và xử lý khi ban hành thông báo lần 2.
c.1) Ban hành thông báo lần 2
Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tài liệu lần 2, trong vòng 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày:
- Người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm.
- Đã hết thời hạn theo Thông báo lần 1 nhưng người nộp thuế không thực hiện giải trình hoặc không cung cấp thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế.
* Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo lần 2 gồm:
- Tờ trình kèm theo.
- Dự thảo thông báo lần 2 (Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
- Bản giải trình, các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần 1.
- Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.
Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ thuế không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 (hai) lần.
c.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 2
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế xử lý như sau:
3. Trường hợp qua rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế và thông tin, tài liệu giải trình lần 1, lần 2 của người nộp thuế mà cơ quan thuế có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm thì cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, Đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 05/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trình tự, thủ tục kiểm tra theo Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện như kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế với các nội dung cơ bản sau:
a) Ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
b) Công bố Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
c) Thực hiện kiểm tra để thu thập, bổ sung thêm thông tin, tài liệu làm căn cứ xử lý vi phạm, Cơ quan thuế chỉ được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung, phạm vi kiểm tra đã xác định có rủi ro vi phạm nêu trên;
d) Lập biên bản kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
đ) Báo cáo kết quả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
e) Xử lý theo quy định đối với vi phạm phát hiện qua kiểm tra;
g) Lưu hồ sơ kiểm tra;
h) Nhập nhật ký kiểm tra theo quy định.
Trường hợp phải tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra vì lý do, sự kiện bất khả kháng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra để tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
4. Trường hợp khi cơ quan thuế ban hành thông báo lần 1, lần 2 mà người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu vi lý do bất khả kháng thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế xem xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế quyết định việc hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu trên cơ sở thực tế lý do bất khả kháng. Thông báo hoãn thời gian giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo Mẫu số 05/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này.
5. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua đường bưu điện.
Mục 2
KIỂM TRA THUẾ TẠI TRỤ SỞ NGƯỜI NỘP THUẾ
Điều 9. Xây dựng, phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế là Tổ chức.
1. Hằng năm, Cục Thuế thực hiện hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra trong toàn hệ thống cơ quan thuế.
2. Cơ quan thuế các cấp căn cứ hướng dẫn của Cục Thuế thực hiện xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, cụ thể:
a) Cục Thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế tỉnh, thành phố, Chi cục thuế doanh nghiệp lớn và Chi cục thuế thương mại điện tử; xây dựng, phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra của Cục Thuế, Chi cục thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục thuế thương mại điện tử và các Thuế tỉnh, thành phố;
b) Thuế tỉnh, thành phố ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế cơ sở; xây dựng, phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra của Thuế cơ sở.
3. Trên cơ sở văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm, cơ quan thuế thực hiện phân tích, đánh giá rủi ro để thực hiện xây dựng kế hoạch kiểm tra hằng năm theo quy định tại Điều 17 Thông tư số 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế:
a) Trường hợp được lựa chọn qua phân tích, đánh giá tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro người nộp thuế không dưới 90% số lượng trường hợp được kiểm tra theo kế hoạch hằng năm.
b) Trường hợp được lựa chọn ngẫu nhiên không quá 10% số lượng trường hợp được kiểm tra theo kế hoạch hàng năm.
4. Kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hằng năm (bao gồm cả trường hợp lựa chọn kế hoạch kiểm tra sau hoàn thuế) được áp dụng các ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý rủi ro về thuế để hỗ trợ lập kế hoạch, chuyên đề.
Trường hợp áp dụng hoàn toàn các ứng dụng công nghệ thông tin để lập kế hoạch, chuyên đề thì thực hiện các bước theo quy trình của ứng dụng. Trường hợp áp dụng một phần ứng dụng công nghệ thông tin (ứng dụng hỗ trợ một số bước) hỗ trợ lập kế hoạch, chuyên đề thì các bước được hỗ trợ thực hiện theo quy trình của ứng dụng và các bước còn lại thực hiện theo hướng dẫn của Cục Thuế.
Điều 10. Lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm
Cơ quan thuế thực hiện lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:
a) Lựa chọn qua phân tích đánh giá tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế (không dưới 90%):
Lựa chọn người nộp thuế dự kiến đưa vào kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống và kết hợp xem xét lựa chọn người nộp thuế đã quá 05 (năm) năm chưa được kiểm tra thuế.
b) Lựa chọn ngẫu nhiên (không quá 10%): lựa chọn người nộp thuế dự kiến đưa vào kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế do bộ phận lập kế hoạch, chuyên đề lựa chọn ngẫu nhiên hoặc sử dụng chức năng hỗ trợ lựa chọn ngẫu nhiên của các ứng dụng hỗ trợ lập kế hoạch.
c) Trường hợp cơ quan thuế trong công tác quản lý thuế có thông tin tin cậy làm giảm mức độ rủi ro của người nộp thuế tới mức thấp hoặc có cơ sở cho rằng mức độ rủi ro của người nộp thuế là thấp chưa đưa vào kế hoạch kiểm tra năm thì cơ quan thuế quyết định không lựa chọn người nộp thuế đó vào kế hoạch, kiểm tra và lựa chọn người nộp thuế khác theo quy định để đưa vào kế hoạch, kiểm tra năm. Trường hợp trong công tác quản lý thuế, có thông tin thu thập và xác minh được người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao thì cơ quan thuế lựa chọn bổ sung vào kế hoạch kiểm tra năm. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về các quyết định thay đổi của mình.
Danh sách người nộp thuế được lựa chọn kiểm tra theo kế hoạch, chuyện đề kiểm tra hằng năm gồm các nội dung chủ yếu sau: Tên, địa chỉ, mã số thuế của người nộp thuế; nội dung kiểm tra; chuyên đề kiểm tra, thời gian dự kiến kiểm tra (mẫu số 06/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này).
Việc lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra thuế phải tránh trùng lặp theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan.
Điều 11. Xây dựng, báo cáo chuyên đề kiểm tra phát sinh trong năm
a) Trong năm cơ quan thuế các cấp có thể thực hiện xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp hoặc theo chỉ đạo của cấp trên thì việc xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh trong năm được thực hiện như việc xây dựng kế hoạch, chuyên đề hằng năm nêu trên. Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp phê duyệt chuyên đề và báo cáo cơ quan cấp trên chậm nhất là 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt chuyên đề.
b) Kết thúc chuyên đề kiểm tra phát sinh trong năm cơ quan thuế các cấp phải thực hiện báo cáo cơ quan thuế cấp trên chậm nhất là 15 (mười lăm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc, tổng kết, đánh giá chuyên đề. Đối với chuyên đề trong năm tài chính chưa kết thúc nhưng cần thiết phải tiếp tục thực hiện chuyên đề sang năm tiếp theo thì kết thúc năm tài chính, cơ quan thuế phải thực hiện báo cáo cơ quan thuế cấp trên tình hình thực hiện chuyên đề.
Điều 12. Các trường hợp kiểm tra đột xuất không phải lập kế hoạch
1. Kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
2. Kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế, chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên hoặc theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.
3. Kiểm tra đối với người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.
4. Kiểm tra người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế.
5. Kiểm tra hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.
6. Kiểm tra trước hoàn thuế.
7. Kiểm tra theo đề xuất sau khi kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
Điều 13. Xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra
1. Trường hợp kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế cấp dưới nếu có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch kiểm tra, thanh tra về thuế của cơ quan Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thuế cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thuế cấp trên.
2. Đối với các trường hợp trùng lặp về đối tượng thuộc kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế với các cơ quan khác của nhà nước thì Thủ trưởng cơ quan thuế phối hợp với Thủ trưởng cơ quan nhà nước có sự trùng lặp để xử lý và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch khi cần thiết.
Điều 14. Công khai kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm
Kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hằng năm; chuyên đề kiểm tra phát sinh trong năm (kể cả kế hoạch, chuyên đề sau điều chỉnh) phải được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế hoặc thông báo theo mẫu số 07/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (thông báo bằng văn bản hoặc thư điện tử) chậm nhất là 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt hoặc điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra.
Điều 15. Điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
1. Căn cứ yêu cầu công tác quản lý thuế, công tác kiểm tra thuế, Cục Thuế có văn bản hướng dẫn điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm. Cơ quan thuế các cấp căn cứ vào văn bản hướng dẫn của Cục Thuế để thực hiện điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề, thời gian điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề được thực hiện theo hướng dẫn tại văn bản điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề hằng năm.
2. Thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch chuyên đề hàng năm: Chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề hàng năm phải được cơ quan phê duyệt kế hoạch, chuyên đề hằng năm phê duyệt điều chỉnh.
3. Việc điều chỉnh kế hoạch kiểm tra thực hiện như sau:
a) Nếu điều chỉnh bổ sung (bao gồm cả trường hợp bổ sung mới, bổ sung để thay thế) người nộp thuế vào kế hoạch kiểm tra thì bổ sung tiếp những người nộp thuế có rủi ro về thuế từ cao xuống theo danh sách đã lập khi xây dựng kế hoạch, chuyên đề đầu năm, trong năm. Trường hợp thực hiện phân tích đánh giá rủi ro lại sau khi cập nhật thông tin dữ liệu thì thực hiện bổ sung người nộp thuế có rủi ro cao theo kết quả phân tích đánh giá lại.
b) Nếu điều chỉnh giảm kế hoạch kiểm tra thì giảm bớt người nộp thuế có rủi ro từ thấp lên trong kế hoạch, chuyên đề kiểm tra. Trường hợp thực hiện phân tích đánh giá rủi ro lại sau khi cập nhật thông tin dữ liệu thì thực hiện điều chỉnh giảm người nộp thuế có rủi ro thấp theo kết quả phân tích đánh giá lại.
4. Khi thực hiện điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề, cơ quan thuế phải có báo cáo nêu rõ lý do để báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch điều chỉnh xem xét phê duyệt điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề.
5. Điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra thuộc các trường hợp sau:
a) Theo yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên.
b) Theo đề xuất của Thủ trưởng cơ quan thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch kiểm tra.
c) Do xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.
d) Do thực hiện đánh giá lại rủi ro trên ứng dụng quản lý rủi ro sau khi báo cáo tài chính năm gần nhất được cập nhật theo văn bản hướng dẫn của Cục Thuế.
đ) Do người nộp thuế có sự thay đổi về trạng thái hoạt động hoặc tình trạng pháp lý hoặc do bất khả kháng dẫn đến không thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, bao gồm các trường hợp: Người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh; người nộp thuế đang bị các cơ quan tiến hành tố tụng khởi tố, điều tra, đình chỉ hoạt động hoặc bị thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh.
e) Trường hợp đến cuối năm cơ quan thuế chưa thực hiện kiểm tra hết người nộp thuế trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt thì các trường hợp người nộp thuế còn lại chưa kiểm tra hết phải ưu tiên chuyển sang kiểm tra trước khi thực hiện kế hoạch năm sau liền kề.
Điều 16. Chuẩn bị kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
1. Ban hành Quyết định kiểm tra thuế
Tất cả các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đều phải ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Quyết định kiểm tra thuế thực hiện theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và phải nêu rõ nội dung kiểm tra, thời kỳ kiểm tra. Cụ thể:
a) Đối với trường hợp kiểm tra thuế theo kế hoạch, chuyên đề:
Nội dung kiểm tra: phân tích nội dung các tiêu chí rủi ro khi lập kế hoạch, chuyên đề để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ có các nội dung rủi ro cần kiểm tra tương ứng và các thời kỳ có liên quan.
b) Đối với trường hợp kiểm tra được chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế sang trụ sở người nộp thuế:
Nội dung kiểm tra: Kiểm tra các nội dung còn phải giải trình bổ sung, thông tin tài liệu và các nội dung rủi ro khác do bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phân tích, đánh giá rủi ro xác định trước khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ liên quan đến các nội dung cần kiểm tra nêu trên.
c) Đối với các trường hợp kiểm tra hoàn thuế:
Nội dung kiểm tra: Kiểm tra theo nội dung đề nghị hoàn thuế (kiểm tra trước hoàn thuế) hoặc Quyết định hoàn thuế (kiểm tra sau hoàn thuế).
Thời kỳ kiểm tra: Kỳ hoàn thuế theo nội dung kiểm tra.
d) Đối với các trường hợp kiểm tra người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật:
Nội dung kiểm tra: Phân tích các nội dung có dấu hiệu vi phạm để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là thời kỳ Liên quan đến các nội dung có dấu hiệu vi phạm.
đ) Đối với các trường hợp kiểm tra theo kiến nghị của cơ quan có thẩm quyền, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.
Nội dung kiểm tra: Đối với kiểm tra theo những kiến nghị, chỉ đạo đã xác định được nội dung cần kiểm tra thì thực hiện kiểm tra theo nội dung đã được xác định. Trường hợp thực hiện kiểm tra theo kiến nghị chỉ đạo chưa xác định được nội dung kiểm tra thì công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế phải thực hiện phản tích rủi ro để xác định nội dung cần kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là thời kỳ liên quan đến các nội dung cần kiểm tra.
e) Đối với kiểm tra các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh:
Nội dung kiểm tra: Công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện phân tích để xác định nội dung cần kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là thời kỳ chưa được kiểm tra Liên quan đến các nội dung cần kiểm tra.
g) Đối với trường hợp kiểm tra lại
Nội dung kiểm tra: Nội dung đã được kiểm tra tại Quyết định kiểm tra bị kiểm tra lại.
Thời kỳ kiểm tra: Là thời kỳ đã được kiểm tra tại Quyết định kiểm tra bị kiểm tra lại.
h) Đối với kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế
Nội dung kiểm tra: Công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế xác định các nội dung đang yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là kỳ có nội dung cần yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
i) Đối với kiểm tra hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.
Nội dung kiểm tra: Nội dung miễn thuế, giảm thuế có rủi ro cao.
Thời kỳ kiểm tra: Là kỳ kê khai hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế.
k) Ngoài các nội dung rủi ro theo từng trường hợp nêu trên, khi trình ban hành Quyết định kiểm tra, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có thể thực hiện thu thập dữ liệu trên hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin của ngành thuế, phân tích rủi ro từ phân tích nghiệp vụ, thông tin từ thực tế công tác quản lý thuế, thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (nếu có) để xác định thêm nội dung, phạm vi kiểm tra thuế.
l) Hồ sơ trình ban hành Quyết định kiểm tra gồm:
1.1) Tờ trình nêu rõ lý do phải Kiểm tra; nội dung kiểm tra, thời kỳ kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.
1.2) Dự thảo Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
1.3) Phiếu phân tích, đánh giá rủi ro xác định nội dung, thời kỳ rủi ro theo mẫu số 08/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này để ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro; các tài liệu kèm theo thông báo giải trình, bổ sung hồ sơ và thông báo yêu cầu khai bổ sung thuế và phiếu nhận xét đề xuất kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (nếu có).
1.4) Dự thảo hồ sơ giám sát hoạt động đoàn kiểm tra (hồ sơ giám sát hoạt động đoàn kiểm tra được trình kèm cùng với hồ sơ trình ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Thủ tục về giám sát hoạt động đoàn kiểm tra được thực hiện theo Quy chế giám sát hoạt động của đoàn kiểm tra thuế).
2. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế chậm nhất là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định. Trường hợp cơ quan thuế hoặc bộ phận không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 (một) bản cho cơ quan thuế hoặc bộ phận trực tiếp quản lý người nộp thuế làm đầu mối chuyển cho các bộ phận có liên quan.
3. Trước khi công bố Quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kiểm tra từng phần việc theo nội dung ghi trong Quyết định kiểm tra (theo mẫu số 09/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này).
4. Bãi bỏ Quyết định kiểm tra; hoãn thời gian tiến hành kiểm tra; tạm dừng kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra
a) Bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế:
a.1) Các trường hợp bãi bỏ Quyết định kiểm tra được quy định tại điểm c khoản 7 Điều 88 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
a.2) Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 09/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
a.3) Hồ sơ trình bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế gồm:
b) Hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi công bố Quyết định kiểm tra:
Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lýthuế, nhưng trước khi công bố quyết định kiểm tra, người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra mà có lý do chính đáng, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãn hoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế về việc hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi công bố quyết định kiểm tra theo Mẫu số 10/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
c) Tạm dừng kiểm tra trong quá trình kiểm tra:
Trong quá trình kiểm tra, trường hợp có lý do bất khả kháng ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cuộc kiểm tra hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế hoặc người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra mà có lý do chính đáng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra xem xét ban hành thông báo tạm dừng kiểm tra theo mẫu số 10/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
d) Điều chỉnh Quyết định kiểm tra:
d.1) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh về Quyết định kiểm tra (thay đổi Trưởng đoàn, điều chỉnh thành viên đoàn kiểm tra, điều chỉnh nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 11/KTT, 12/KTT, 13/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
d.2) Hồ sơ trình điều chỉnh Quyết định kiểm tra thuế gồm:
5. Trường hợp người nộp thuế vẫn đang hoạt động kinh doanh bình thường vẫn thực hiện kê khai thuế, khi cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra nhưng người nộp thuế không nhận Quyết định kiểm tra, hoặc cố tình trốn tránh không chấp hành Quyết định kiểm tra thì đoàn kiểm tra thực hiện lập biên bản vi phạm hành chính và áp dụng xử phạt theo quy định tại Điều 15 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ được sửa đổi bổ sung bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định số 310/2025/NĐ-CP ngày 02 tháng 12 năm 2025; trên cơ sở biên bản vi phạm hành chính về việc người nộp thuế không chấp hành kiểm tra thuế, đoàn kiểm tra báo cáo Người ban hành Quyết định kiểm tra để xử phạt vi phạm hành chính, áp dụng các biện pháp quản lý thuế (nếu có). Trường hợp người nộp thuế đã bị xử phạt về hành vi không chấp hành Quyết định kiểm tra, nhưng vẫn tiếp tục không chấp hành Quyết định kiểm tra thì cơ quan thuế xem xét áp dụng cưỡng chế thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Điều 36, Điều 37 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Chính phủ hướng dẫn Luật Quản lý thuế.
Biên bản vi phạm hành chính được lập, nếu người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã, phường nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất 01 (một) người chứng kiến xác nhận. Trường hợp không có sự xác nhận của chính quyền hoặc của người chứng kiến thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
Điều 17. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
1. Công bố Quyết định kiểm tra thuế.
Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 (mười) ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra thuế trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế hoặc hoãn thời gian kiểm tra. Khi bắt đầu kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để người nộp thuế hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Sau khi công bố Quyết định kiểm tra, đoàn kiểm tra thuế và người nộp thuế phải có biên bản công bố Quyết định kiểm tra được lập theo mẫu số 08/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản công bố Quyết định kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện xử lý như trường hợp người nộp thuế không nhận Quyết định kiểm tra, hoặc cố tình trốn tránh không chấp hành Quyết định kiểm tra.
2. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
a) Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong Quyết định kiểm tra thuế.
b) Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 (hai mươi) ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 (một) lần nhưng không quá 20 (hai mươi) ngày. Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 (bốn mươi) ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 (bốn mươi) ngày. Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời hạn kiểm tra quy định tại điểm này không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.
c) Căn cứ phân công công việc của trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện các công việc theo phân công của trưởng đoàn kiểm tra. Căn cứ phân công công việc của từng thành viên đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra được quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế không có trên hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành thuế. Trên cơ sở phân công công việc, thành viên đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra, đối chiếu các nội dung đã phân tích, đánh giá rủi ro và các nội dung thuộc phạm vi Quyết định kiểm tra với các hồ sơ tài liệu thu thập khi kiểm tra.
d) Trong quá trình thực hiện kiểm tra, đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.
Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán thì đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ theo quy định, mà không yêu cầu in ra giấy.
Trường hợp cần phải tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế, thì Trưởng đoàn kiểm tra thuế được quyền quyết định tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế hoặc Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế có Quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định tại Điều 23 của Luật Quản lý thuế.
Trường hợp người nộp thuế cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 06 giờ làm việc, kể từ khi nhận được yêu cầu của đoàn kiểm tra hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác về thông tin, tài liệu, số kế toán liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo yêu cầu của đoàn kiểm tra trong thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và áp dụng xử phạt theo quy định tại Điều 15 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ được sửa đổi bổ sung bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định số 310/2025/NĐ-CP ngày 02 tháng 12 năm 2025.
Việc xử phạt vi phạm hành chính được thực hiện thông qua biên bản vi phạm hành chính có chữ ký của người nộp thuế hoặc đại diện người nộp thuế. Trường hợp người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vi lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã, phường nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất 1 người chứng kiến xác nhận. Trường hợp không có sự xác nhận của chính quyền hoặc của người chứng kiến thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
đ) Trong quá trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, nếu nội dung phát hiện qua kiểm tra mà các nội dung này khi ban hành Quyết định xử lý hoặc Kết luận kiểm tra có thể dẫn đến khiếu nại của người nộp thuế về kết quả xử lý thì Trưởng đoàn kiểm tra phải tập hợp hồ sơ, tài liệu có liên quan đến nội dung vướng mắc để báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Khi nhận được văn bản, hồ sơ xin ý kiến của Trưởng đoàn kiểm tra về những vướng mắc khi tiến hành kiểm tra thì Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải đưa ra ý kiến chỉ đạo xử lý bằng văn bản, nếu còn vướng mắc thì có văn bản xin ý kiến Người ra quyết định kiểm tra trong thời gian 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo nội dung vướng mắc của Trưởng đoàn kiểm tra.
Trường hợp phải lấy ý kiến các bộ phận khác hoặc xin ý kiến cơ quan cấp trên thì Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế báo cáo Người ra quyết định kiểm tra có văn bản lấy ý kiến. Văn bản lấy ý kiến được gửi trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo của Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Khi nhận được ý kiến tham gia thì trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc đoàn kiểm tra phải tổng hợp báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Người ban hành Quyết định kiểm tra để xem xét, quyết định.
g) Trong quá trình kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế, xác định trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp hoặc xác định cần thiết phải gia hạn kiểm tra để xử lý nội dung vướng mắc có khả năng xảy ra khiếu nại thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Lãnh đạo phụ trách để trình Người ban hành Quyết định kiểm tra chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc trước khi kết thúc thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định gia hạn kiểm tra (theo mẫu số 07/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính), việc gia hạn kiểm tra không quá 01 (một) lần, thời hạn gia hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 20 (hai mươi) ngày, đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thể gia hạn 01 (một) lần nhưng không quá 40 (bốn mươi) ngày.
h) Kết thúc kiểm tra phần công việc được giao, thành viên đoàn kiểm tra phải lập biên bản xác nhận số liệu với đại diện người nộp thuế (theo Mẫu số 11/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này). Thành viên đoàn kiểm tra chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực, khách quan của biên bản xác nhận số liệu kiểm tra.
3. Lập biên bản kiểm tra thuế.
a) Biên bản kiểm tra thuế được lập theo mẫu số 14/KTT kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Căn cứ để lập biên bản kiểm tra là số liệu và tình hình được phản ánh trong biên bản kiểm tra từng phần việc mà trưởng đoàn kiểm tra đã giao cho từng thành viên trong đoàn thực hiện. Kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra phải được thống nhất trong đoàn kiểm tra trước khi công bố công khai với người nộp thuế. Nếu kết quả tại biên bản kiểm tra không thống nhất với số liệu và tình hình của biên bản xác nhận số liệu của thành viên đoàn kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra có quyền quyết định và chịu trách nhiệm về nội dung biên bản kiểm tra. Trong trường hợp này, thành viên trong đoàn kiểm tra có quyền bảo lưu số liệu theo biên bản từng phần việc được giao.
b) Biên bản kiểm tra được lập bao gồm các nội dung sau:
b.1) Mô tả đặc điểm tình hình chung về hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế. Nêu kết quả số liệu theo nội dung đã kiểm tra của đoàn kiểm tra so với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân có sự chênh lệch.
b.2) Phạm vi, thời kỳ kiểm tra: nêu rõ phạm vi và thời kỳ kiểm tra theo Quyết định kiểm tra.
b.3) Kết luận về từng nội dung kiểm tra, xác định số thuế phải nộp tăng thêm qua Kiểm tra, số thuế không đủ điều kiện được hoàn và các nội dung khác có liên quan (nếu có), xác định hành vi, mức độ vi phạm, đề xuất biện pháp xử lý theo thẩm quyền. Kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của đoàn kiểm tra.
b.4) Quyền và thời hạn giải trình của người nộp thuế.
c) Khi kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, dự thảo biên bản kiểm tra phải được công bố công khai trước đoàn kiểm tra, người nộp thuế và bản giao cho người nộp thuế để có ý kiến, giải trình (nếu có) và ký biên bản kiểm tra. Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện lập biên bản công khai và bản giao dự thảo biên bản kiểm tra theo mẫu số 15/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Nếu người nộp thuế yêu cầu, Trưởng đoàn Kiểm tra thuế phải giải thích các nội dung chưa rõ trong dự thảo biên bản kiểm tra thuế. Trường hợp người nộp hợp người nộp thuế có ý kiến giải trình với đoàn kiểm tra, việc giải trình, hoàn thiện biên bản kiểm tra, ký biên bản kiểm tra phải được thực hiện trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế vẫn có ý kiến giải trình thì hình thức và thời hạn giải trình phải được ghi nhận tại biên bản kiểm tra. Việc giải trình và xem xét ý kiến giải trình được thực hiện theo quy định tại Điều 17 Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2021 của Chính phủ.
Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang và đóng dấu của người nộp thuế gồm cả dấu riêng và dấu giáp lai giữa các trang của biên bản (nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng).
d) Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận thành mục riêng tại biên bản kiểm tra phần nội dung vướng mắc đang chờ xin ý kiến và được tách riêng với kết quả kiểm tra; khi có kết quả trả lời thì đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra lập phụ lục biên bản theo Mẫu số 16/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính để tiếp tục xử lý theo quy định của pháp luật.
đ) Trường hợp hết thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày công khai dự thảo biên bản kiểm tra thuế người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra thuế thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản kiểm tra (theo quy định của Nghị định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn), báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để báo cáo Người có thẩm quyền ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định. Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra, thì biên bản kiểm tra phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất một người chứng kiến xác nhận việc người nộp thuế không ký vào biên bản; trường hợp không có chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã hoặc của người chứng kiến, thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
e) Trường hợp kể từ ngày lập biên bản kiểm tra, người nộp thuế có ý kiến giải trình hoặc đề nghị gia hạn thời hạn giải trình bằng văn bản trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc; hoặc có văn bản yêu cầu được giải trình trực tiếp trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc thì việc xem xét ý kiến giải trình được thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3 và khoản 4 Điều 61 Luật Xử lý vi phạm hành chính.
Khi đoàn kiểm tra được giao xem xét ý kiến giải trình mà kết quả có sự thay đổi so với biên bản kiểm tra đã lập thì đoàn kiểm tra căn cứ vào biên bản kiểm tra đã lập, văn bản giải trình của người nộp thuế hoặc biên bản giải trình trực tiếp để báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xử lý theo quy định.
g) Biên bản kiểm tra phải được lập tối thiểu là 04 bản, có giá trị pháp lý như nhau:
- 01 bản người nộp thuế giữ.
- 01 bản Trưởng đoàn kiểm tra giữ.
- 01 bản gửi cho Bộ phận quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp (hoặc bộ phận được phân công nhiệm vụ quản lý người nộp thuế là tổ chức).
- 01 bản lưu tại bộ phận kiểm tra thuế.
Trường hợp cơ quan thuế hoặc bộ phận thực hiện kiểm tra thuế không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 (một) bản cho cơ quan thuế hoặc bộ phận trực tiếp quản lý người nộp thuế.
Biên bản kiểm tra thuế là căn cứ để ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Kết luận kiểm tra và các Quyết định hành chính về quản lý thuế.
4. Xử lý kết quả kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
a) Chậm nhất là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế về kết quả kiểm tra thuế (mẫu số 12/QTKT-TC ban hành kèm theo Quy trình này) và dự thảo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế (mẫu số MQĐ02 ban hành kèm theo Nghị định số 68/2025/NĐ-CP ngày 18 tháng 03 năm 2025 của Chính phủ) hoặc Kết luận kiểm tra thuế (mẫu số 17/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
b) Trường hợp biên bản kiểm tra thuế có ghi nhận nội dung vướng mắc chờ xin ý kiến, thì Báo cáo kết quả kiểm tra thuế và Kết luận kiểm tra thuế (nếu có) phải nêu rõ chưa xử lý những nội dung còn vướng mắc. Đối với các nội dung còn vướng mắc, sau khi nhận được ý kiến tham gia thì tiếp tục xử lý theo quy định của pháp luật.
c) Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến phải xử lý truy thu về thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Thủ trưởng cơ quan thuế căn cứ vào từng trường hợp để ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo mẫu số MQĐ02 ban hành kèm theo Nghị định số 68/2025/NĐ-CP ngày 18 tháng 03 năm 2025 của Chính phủ, cụ thể:
c.1) Thời hạn không quá 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế không có yêu cầu giải trình theo quy định tại Điều 61 Luật Xử lý vi phạm hành chính, hoặc đã ghi rõ ý kiến trong biên bản kiểm tra về việc không thực hiện quyền giải trình.
c.2) Thời hạn trong vòng 01 (một) tháng, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế có yêu cầu giải trình trong thời hạn luật định, hoặc cơ quan thuế phải tiến hành xác minh các tình tiết vi phạm hành chính.
c.3) Thời hạn trong vòng 02 (hai) tháng, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp vụ việc có tình tiết đặc biệt nghiêm trọng hoặc có nhiều tình tiết phức tạp, cần có thêm thời gian để xác minh và thu thập chứng cứ.
d) Trường hợp không phải xử lý truy thu về thuế; không phải xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì trong thời hạn không quá 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra, Thủ trưởng cơ quan thuế phải ký kết luận kiểm tra thuế theo mẫu số 17/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
đ) Người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính, cá nhân, tổ chức liên quan nếu có lỗi trong việc để quá thời hạn mà không ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì bị xử lý theo quy định của pháp luật.
e) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế được gửi cho các bộ phận sau:
- 01 bản gửi cho người nộp thuế.
- 01 bản lưu hồ sơ.
- 01 bản trưởng đoàn kiểm tra lưu.
- 01 bản gửi cho Bộ phận quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp (hoặc bộ phận được phân công nhiệm vụ quản lý người nộp thuế là tổ chức).
- 01 bản lưu tại bộ phận thực hiện kiểm tra thuế cùng với Quyết định kiểm tra và biên bản kiểm tra thuế.
Trường hợp cơ quan thuế không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 (một) bản gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế làm đầu mối chuyển cho các bộ phận có liên quan.
g) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế được giao trực tiếp hoặc gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm và thông báo cho tổ chức vi phạm trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày ra Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Trường hợp Quyết định xử phạt được giao trực tiếp thì công chức giao Quyết định xử phạt phải lập biên bản về việc giao Quyết định xử phạt. Đối với trường hợp Quyết định được giao trực tiếp mà tổ chức vi phạm cố tình không nhận Quyết định thì người có thẩm quyền lập biên bản về việc không nhận Quyết định có xác nhận của chính quyền địa phương và được coi là Quyết định đã được giao. Đối với trường hợp gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm, nếu sau thời hạn 10 (mười) ngày, kể từ ngày Quyết định xử phạt vi phạm đã được gửi qua đường bưu điện đến lần thứ ba mà bị trả lại do tổ chức vi phạm cố tình không nhận hoặc bưu điện không liên hệ được với tổ chức vi phạm; Quyết định xử phạt vi phạm đã được niêm yết tại nơi cư trú của cá nhân, trụ sở của tổ chức bị xử phạt hoặc có căn cứ cho rằng người vi phạm trốn tránh không nhận Quyết định xử phạt thì được coi là Quyết định đã được giao.
h) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế hoặc khi kết thúc kiểm tra mà phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.
Hồ sơ chuyển cơ quan điều tra được thực hiện theo Quy chế chuyển tin báo, hồ sơ kiến nghị khởi tố đối với hành vi vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu tội phạm đến Cơ quan Điều tra
5. Ghi nhật ký kiểm tra.
Trưởng đoàn kiểm tra và thành viên đoàn kiểm tra phải ghi nhật ký kiểm tra, việc ghi nhật ký được thực hiện bằng hình thức ghi điện tử. Các bước thực hiện ghi nhật ký điện tử được thực hiện theo Quy trình quản lý, sử dụng và vận hành ứng dụng nhật ký điện tử do Cục trưởng Cục Thuế ban hành.
6. Giám sát đoàn kiểm tra.
Trưởng đoàn kiểm tra và thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện các yêu cầu về giám sát đoàn kiểm tra theo quy định của pháp luật và Quy chế giám sát hoạt động của đoàn kiểm tra thuế do Cục trưởng Cục Thuế ban hành.
7. Theo dõi, đôn đốc thực hiện kết quả sau kiểm tra.
Bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có trách nhiệm phối hợp với Bộ phận quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp (hoặc bộ phận được phân công nhiệm vụ quản lý người nộp thuế là tổ chức) theo dõi và đôn đốc việc thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, thu hồi hoàn thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp theo kết quả kiểm tra ghi trên Quyết định xử phạt về thuế vào ngân sách nhà nước theo đúng quy định.
8. Trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau hoặc kiểm tra sau hoàn thuế hoặc kiểm tra miễn thuế, giảm thuế mà người nộp thuế không có trụ sở hoặc cơ quan thuế không thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì địa điểm kiểm tra được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế.
Điều 18. Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế đối với tổ chức
Các trường hợp kiểm tra lại được thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
Mục 1
KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN THUẾ
Điều 19. Nguyên tắc kiểm tra hồ sơ thuế và tiếp nhận, lập danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
1. Nguyên tắc áp dụng:
Việc kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế được dựa trên nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin, kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử cụ thể như sau:
a) Các loại hồ sơ thuế Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh gửi đến cơ quan thuế được rà soát để kiểm tra theo cơ chế áp dụng quản lý rủi ro và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế.
b) Đối với các loại hồ sơ thuế đã có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra thì sử dụng ứng dụng công nghệ thông tin của ngành thuế để rà soát, đánh giá rủi ro, kiểm tra các hồ sơ thuế rủi ro cao, yêu cầu Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, xác định tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế để xử lý theo quy định của pháp luật.
c) Đối với các loại hồ sơ thuế chưa có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế trong quá trình quản lý thực hiện rà soát, đánh giá rủi ro, kiểm tra các hồ sơ thuế rủi ro cao, yêu cầu Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, xác định tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế để xử lý theo quy định của pháp luật.
2. Tiếp nhận, lập danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
Việc xác định danh sách người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao để kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được tuân theo quy định tại Quy trình hướng dẫn áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế và hóa đơn đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh do Cục Thuế ban hành.
a) Tiếp nhận danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế từ các ứng dụng, công cụ hỗ trợ kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
Trên cơ sở danh sách Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có hồ sơ thuế rủi ro cao từ Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế, bộ phận, công chức thuế quản lý hộ, cá nhân kinh doanh tiếp nhận danh sách kiểm tra hồ sơ thuế có rủi ro cao tại trụ sở cơ quan thuế và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 20, Điều 21 Quy trình này.
b) Tiếp nhận danh sách kiểm tra đối với các hồ sơ đề nghị hoàn nộp thừa có rủi ro cao từ ứng dụng phân loại và đánh giá rủi ro hoàn thuế (TMS, TPR) và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 20 Quy trình này.
c) Tiếp nhận danh sách kiểm tra đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn.
Việc xác định danh sách Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn để lập danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện theo Quy trình áp dụng quản lý rủi ro đánh giá, xác định người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn và các văn bản hướng dẫn liên quan của Cục Thuế.
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế có rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn điện tử đã được Lãnh đạo cơ quan phụ trách công tác kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phê duyệt trên ứng dụng quản lý rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn, Bộ phận quản lý và hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tiếp nhận danh sách người nộp thuế cần kiểm tra và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 20, Điều 21 Quy trình này.
d) Lập danh sách kiểm tra hồ sơ thuế qua thực tế quản lý thuế:
Trường hợp chưa có ứng dụng hỗ trợ đánh giá rủi ro hoặc qua thực tế quản lý thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao, thì thực hiện lập danh sách như sau:
d.1) Thu thập thông tin và lập phiếu đề xuất: Công chức Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh căn cứ vào dấu hiệu như: Hóa đơn, các biến động bất thường về doanh thu, dòng tiền...của người nộp thuế hoặc thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (ngân hàng, trung gian thanh toán, cơ quan thanh tra, kiểm toán, công an...) thực hiện rà soát, đối chiếu, phân tích thông tin đã thu thập với cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế, quy định pháp luật về thuế; lập Phiếu đề xuất kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 01/QTKT-HKD,CNKD, Phiếu đề xuất kiểm tra phải được mô tả cụ thể hành vi hoặc dấu hiệu rủi ro phát hiện và tổng hợp vào Danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý.
d.2) Trình Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh toàn bộ hồ sơ rủi ro đã thu thập. Lãnh đạo bộ phận có trách nhiệm xem xét, thẩm định các dấu hiệu rủi ro và ký xác nhận.
d.3) Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét, phê duyệt và phân công Danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế qua thực tế quản lý cho công chức được giao nhiệm vụ quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (theo Mẫu số 02/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này). Danh sách được phê duyệt là căn cứ để bộ phận Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.
đ) Danh sách hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại Điều này cần kết hợp với kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để thực hiện, đảm bảo tránh trùng lặp trong kiểm tra. Thứ tự ưu tiên thực hiện khi có trùng lặp: (1) danh sách thuộc kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, (2) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Trường hợp, người nộp thuế có tiêu chí rủi ro cao nhưng đã được rà soát Kiểm tra kỳ trước đó và có đủ thông tin tin cậy làm giảm mức độ rủi ro của người nộp thuế tới mức thấp hoặc có cơ sở cho rằng mức độ rủi ro của người nộp thuế là thấp thì công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh lập danh sách người nộp thuế trình lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh để trình Thủ trưởng cơ quan thuế loại khỏi danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
e) Danh sách hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể điều chỉnh tùy thuộc vào thực tế phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp quyết định.
Điều 20. Xử lý danh sách, kiểm tra hồ sơ thuế có rủi ro cao đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu đến ngưỡng phải nộp thuế.
1. Phân công kiểm tra hồ sơ thuế đã được duyệt.
Trên cơ sở danh sách Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh phải kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, lãnh đạo bộ phận quản lý và hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt Danh sách phân công người nộp thuế cho công chức được giao nhiệm vụ quản lý và hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (hoặc công chức được giao kiểm tra theo phân công) chịu trách nhiệm thực hiện việc kiểm tra (trường hợp Danh sách kiểm tra được duyệt qua thực tế quản lý, do Thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện phân công cùng lúc khi phê duyệt danh sách).
2. Rà soát, kiểm tra hồ sơ thuế có rủi ro cao đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu đến ngưỡng phải nộp thuế.
a) Bước 1: Rà soát hồ sơ thuế
a.1) Trên cơ sở danh sách được phân công, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thực hiện rà soát các nội dung rủi ro cao. Việc rà soát các nội dung rủi ro cao được thực hiện qua đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế so với dữ liệu của cơ quan thuế liên quan đến việc kê khai doanh thu, số thuế phải nộp, số thuế hoàn nộp thừa, dữ liệu hóa đơn điện tử, thông tin phối hợp từ các đơn vị ngoài ngành, thông tin từ đơn vị khác...theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:
- Xác định loại tờ khai thuế phù hợp với loại hình kinh doanh của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và phương pháp tính thuế, trách nhiệm kê khai của người nộp thuế.
- Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có) và với kỳ kê khai trước.
- Đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử với thông tin kê khai trong tờ khai tương ứng.
- Đối chiếu với dữ liệu, thông tin phối hợp thu thập được từ các đơn vị ngoài ngành (Ngân hàng, trung gian thanh toán, đơn vị vận chuyển, cơ quan công an,...), dữ liệu từ bên thứ ba... với số liệu kê khai trên hệ thống thuế, dữ liệu hóa đơn điện tử của cơ quan thuế để phát hiện các dấu hiệu bất thường, rủi ro về thuế.
- Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.
a.2) Kết thúc rà soát: Công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nhận xét hồ sơ thuế đối với các nội dung đã thực hiện rà soát theo Mẫu số 03/QTKT-HKD,CNKD.
a. 3) Đối với hồ sơ thuế ứng dụng cảnh báo rủi ro cao nhưng kết quả rà soát thực tế không có dấu hiệu khai sai, không chính xác: Công chức lập danh sách hồ sơ chưa phát hiện khai sai, không chính xác cùng phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo Mẫu số 03/QTKT-HKD,CNKD báo cáo Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
Thực hiện Bước 2 sau đây đối với các hồ sơrà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác.
Đối với người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý, cơ quan thuế không thực hiện Bước rà soát mà Ban hành thông báo lần 1 theo trình tự dưới đây.
b) Bước 2: Ban hành thông báo (lần 1) và xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 1.
b.1) Ban hành thông báo (lần 1)
Trên cơ sở danh sách Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh qua rà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác từ bước 1 chuyển sang, công chức Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh báo cáo Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo Mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.
Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu lần 1: Tờ trình kèm theo; Dự thảo thông báo lần 1 (mẫu số 01/KTT); Bản nhận xét hồ sơ thuế; Hồ sơ thuế.
Thời hạn người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.
b.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 1
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh xử lý như sau:
c) Bước 3: Ban hành thông báo (lần 2) và xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 2.
c.1) Ban hành thông báo (lần 2)
Công chức Quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh báo cáo Lãnh đạo bộ phận trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tài liệu lần 2, trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày: Người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm hoặc đã hết thời hạn theo Thông báo lần 1 nhưng người nộp thuế không thực hiện giải trình hoặc không cung cấp thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế.
Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo lần 2: Tờ trình kèm theo; Dự thảo thông báo lần 2 (Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính); bản giải trình, các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần 1; Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.
Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ thuế không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 (hai) lần.
c.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 2
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh xử lý như sau:
3. Trường hợp qua rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế và thông tin, tài liệu giải trình lần 1, lần 2 của Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh mà cơ quan thuế có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm thì cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, Đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 05/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trình tự, thủ tục Kiểm tra theo Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện như kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế với các nội dung cơ bản sau:
a) Ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
b) Công bố Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
c) Thực hiện kiểm tra để thu thập, bổ sung thêm thông tin, tài liệu làm căn cứ xử lý vi phạm, Cơ quan thuế chỉ được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung, phạm vi kiểm tra đã xác định có rủi ro vi phạm nêu trên;
d) Lập biên bản kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
đ) Báo cáo kết quả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
e) Xử lý theo quy định đối với vi phạm phát hiện qua kiểm tra;
g) Lưu hồ sơ kiểm tra;
h) Nhập nhật ký kiểm tra theo quy định.
Trường hợp phải tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra vì lý do, sự kiện bất khả kháng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra để tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
4. Trường hợp khi cơ quan thuế ban hành thông báo lần 1, lần 2 mà người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu vi lý do bất khả kháng thì công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh xem xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế quyết định việc hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu trên cơ sở thực tế lý do bất khả kháng. Thông báo hoãn thời gian giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo Mẫu số 05/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này.
5. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua đường bưu điện.
Điều 21. Rà soát, kiểm tra hồ sơ thuế có rủi ro cao đối với người nộp thuế là Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu chưa đến ngưỡng phải nộp thuế.
1. Công tác rà soát đối với người nộp thuế là hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro, tập trung vào người nộp thuế có dấu hiệu thông báo doanh thu không phù hợp với thực tế, có quy mô kinh doanh, địa điểm kinh doanh, để đảm bảo hiệu quả quản lý và phù hợp nguồn lực của cơ quan thuế.
a) Trường hợp hồ sơ thuế đã có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ: Trên cơ sở danh sách người nộp thuế được phân công rà soát, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế đối chiếu, so sánh với chính sách thuế, hồ sơ liên quan, thực tế quản lý, thông tin phối hợp từ các đơn vị ngoài ngành, thông tin từ đơn vị khác... thực hiện rà soát các nội dung rủi ro cao theo kết quả phân tích, đánh giá rủi ro từ ứng dụng. Hệ thống ứng dụng hỗ trợ đưa ra các chỉ số tiêu chí có rủi ro cao.
b) Trường hợp hồ sơ thuế chưa có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ: Công chức quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trong quá trình quản lý, thông qua dữ liệu hóa đơn điện tử, thông tin từ bên thứ ba phát hiện người nộp thuế có hàng hóa, dịch vụ mua vào lớn hoặc có thông tin liên quan xác định có rủi ro cao về doanh thu vượt so với ngưỡng phải chịu thuế thì thực hiện lập danh sách trình lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đệ trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt. Trên cơ sở danh sách người nộp thuế được phân công kiểm tra thuế, công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đối chiếu, so sánh với chính sách thuế, hồ sơ liên quan, thực tế quản lý, ... thực hiện kiểm tra các nội dung được đánh giá là rủi ro cao.
c) Trường hợp qua rà soát xét thấy hồ sơ thuế không có dấu hiệu vi phạm thì công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh báo cáo Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh lưu hồ sơ. Trường hợp qua rà soát nhận thấy hồ sơ thuế có dấu hiệu khai sai, không chính xác, thực hiện lập danh sách để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt danh sách kiểm tra theo Mẫu số 02/QTKT-HKD,CNKD và dự thảo thông báo giải trình về các số liệu chênh lệch có liên quan. Trình tự thủ tục ban hành thông báo lần 1, lần 2 và xử lý kết quả khi ban hành thông báo giải trình lần 1, lần 2 được thực hiện tương tự theo Điều 20 nêu trên.
Kết thúc rà soát mỗi hồ sơ thuế, công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh phải lập Phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo Mẫu số 03/QTKT-HKD,CNKD.
d) Trường hợp Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cần phải xác định lại doanh thu đến ngưỡng phải chịu thuế, công chức Quản lý, hỗ trợ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh lập Biên bản làm việc với người nộp thuế theo Mẫu số 03/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hướng dẫn người nộp thuế chuyển đổi hình thức theo dõi doanh thu, ghi chép sổ sách kế toán, thời hạn kê khai và sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.
Trường hợp người nộp thuế không đến làm việc, cơ quan thuế thực hiện theo Bước 3. Ban hành thông báo (lần 2) và xử lý khi ban hành thông báo lần 2 quy định tại Điều 20 Quy trình này. Trường hợp người nộp thuế giải trình không phù hợp, không hợp tác hoặc có dấu hiệu che giấu doanh thu thì công chức quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh báo cáo Lãnh đạo bộ phận chuyên cho bộ phận có chức năng kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Trình tự thủ tục ban hành thông báo lần 1, lần 2 và xử lý kết quả khi ban hành thông báo giải trình lần 1, lần 2 được thực hiện như Điều 20 Quy trình này.
Mục 2
KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ NGƯỜI NỘP THUẾ
Điều 22. Xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
1. Hướng dẫn lập kế hoạch, chuyên đề Kiểm tra hằng năm:
a) Hằng năm, Cục Thuế thực hiện hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra trong toàn hệ thống cơ quan thuế.
b) Cơ quan thuế các cấp căn cứ hướng dẫn của Cục Thuế thực hiện xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, cụ thể:
b.1) Cục Thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế tỉnh, thành phố.
b.2) Thuế tỉnh, thành phố ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế cơ sở; xây dựng, phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra của Thuế cơ sở.
2. Lựa chọn người nộp thuế là Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hằng năm.
a) Lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế từ kết quả phân tích rủi ro bằng ứng dụng hỗ trợ lập kế hoạch hoặc ứng dụng hỗ trợ phân tích rủi ro; thực tế quản lý thuế. Trên cơ sở danh sách người nộp thuế được lựa chọn từ kết quả phân tích rủi ro, sau khi đã loại trừ người nộp thuế đã được kiểm tra tại cơ quan thuế, người nộp thuế có thông tin tin cậy hoặc có cơ sở cho rằng mức độ rủi ro của người nộp thuế là thấp. Bộ phận được giao nhiệm vụ xây dựng kế hoạch thực hiện phân tích các tiêu chí rủi ro để lựa chọn người nộp thuế xây dựng kế hoạch kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo tỷ lệ %/tổng số người nộp thuế có rủi ro cao, kết hợp xem xét lựa chọn người nộp thuế đã nhiều năm (>05 năm) chưa được kiểm tra thuế, người nộp thuế có dấu hiệu bất thường về doanh thu, quy mô kinh doanh, địa điểm kinh doanh. Hằng năm, Cục Thuế quy định tỷ lệ lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại trụ sở người nộp thuế phù hợp với thực tế quản lý thuế.
b) Lựa chọn qua phân tích đánh giá tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế (không dưới 90%).
c) Lựa chọn ngẫu nhiên (không quá 10%): lựa chọn người nộp thuế dự kiến đưa vào kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế do bộ phận xây dựng kế hoạch, chuyên đề lựa chọn ngẫu nhiên hoặc sử dụng chức năng hỗ trợ lựa chọn ngẫu nhiên của các ứng dụng hỗ trợ xây dựng kế hoạch.
Danh sách người nộp thuế được lựa chọn kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm gồm các nội dung chủ yếu sau: Tên người nộp thuế, mã số thuế, địa chỉ của các đối tượng kiểm tra; nội dung kiểm tra; chuyên đề kiểm tra, thời gian dự kiến kiểm tra (Mẫu số 06/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này).
Việc lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra thuế phải tránh trùng lặp theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan.
3. Xây dựng chuyên đề kiểm tra phát sinh:
Trong năm cơ quan thuế các cấp có thể thực hiện xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp hoặc theo chỉ đạo của cấp trên thì việc xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh trong năm được thực hiện như việc xây dựng kế hoạch, chuyên đề hằng năm nêu trên. Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp phê duyệt chuyên đề và báo cáo cơ quan cấp trên chậm nhất là 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt chuyên đề.
Kết thúc chuyên đề kiểm tra phát sinh trong năm cơ quan thuế các cấp phải thực hiện báo cáo cơ quan thuế cấp trên chậm nhất là 15 (mười lăm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc, tổng kết, đánh giá chuyên đề. Đối với chuyên đề trong năm tài chính chưa kết thúc nhưng cần thiết phải tiếp tục thực hiện chuyên đề sang năm tiếp theo thì kết thúc năm tài chính, cơ quan thuế phải thực hiện báo cáo cơ quan thuế cấp trên tình hình thực hiện chuyên đề.
4. Các trường hợp kiểm tra đột xuất đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không phải lập kế hoạch.
a) Kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
b) Kiểm tra người nộp thuế theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế hoặc theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên;
c) Kiểm tra đối với người nộp thuế có rủi ro cạo thuộc các trường hợp: chấm dứt hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;
d) Kiểm tra theo đề xuất sau khi kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
Điều 23. Xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh
1. Trường hợp kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế cấp dưới nếu có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch kiểm tra, thanh tra (nếu có) về thuế của cơ quan Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thuế cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thuế cấp trên.
2. Đối với các trường hợp trùng lặp về đối tượng thuộc kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế với các cơ quan khác của Nhà nước thì Thủ trưởng cơ quan thuế phối hợp với thủ trưởng cơ quan nhà nước có sự trùng lặp để xử lý và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch khi cần thiết.
Điều 24. Công khai kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
Kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hàng năm; chuyên đề kiểm tra phát sinh trong năm (kể cả kế hoạch, chuyên đề sau điều chỉnh) phải được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế hoặc thông báo theo Mẫu số 08/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (thông báo bằng văn bản hoặc thư điện tử) trước ngày ban hành Quyết định kiểm tra và chậm nhất là 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày ban hành Quyết định phê duyệt hoặc điều chỉnh kế hoạch kiểm tra.
Điều 25. Điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh
1. Căn cứ yêu cầu công tác quản lý thuế, công tác kiểm tra thuế, Cục Thuế có văn bản hướng dẫn điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm. Cơ quan thuế các cấp căn cứ vào văn bản hướng dẫn của Cục Thuế để thực hiện điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề, thời gian điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề được thực hiện theo hướng dẫn tại văn bản điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề hằng năm.
2. Thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch chuyên đề hàng năm: Chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề hằng năm phải được cơ quan phê duyệt chỉ tiêu nhiệm vụ, kế hoạch, chuyên đề hàng năm phê duyệt điều chỉnh.
3. Việc điều chỉnh kế hoạch kiểm tra Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thực hiện như sau:
a) Nếu điều chỉnh bổ sung (bao gồm cả trường hợp bổ sung mới, bổ sung để thay thế) người nộp thuế vào kế hoạch kiểm tra thì bổ sung tiếp những người nộp thuế có rủi ro về thuế từ cao xuống theo danh sách đã lập khi xây dựng kế hoạch, chuyên đề đầu năm, trong năm. Trường hợp thực hiện phân tích đánh giá rủi ro lại sau khi cập nhật thông tin dữ liệu thì thực hiện bổ sung người nộp thuế có rủi ro cao theo kết quả phân tích đánh giá lại.
b) Nếu điều chỉnh giảm kế hoạch kiểm tra thì giảm bớt người nộp thuế có rủi ro từ thấp lên trong kế hoạch, chuyên đề kiểm tra. Trường hợp thực hiện phân tích đánh giá rủi ro lại sau khi cập nhật thông tin dữ liệu thì thực hiện điều chỉnh giảm người nộp thuế có rủi ro thấp theo kết quả phân tích đánh giá lại.
4. Khi thực hiện điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề, cơ quan thuế phải có báo cáo nêu rõ lý do để báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch điều chỉnh xem xét phê duyệt điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề.
5. Điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra thuộc các trường hợp sau:
a) Theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên.
b) Theo đề xuất của Thủ trưởng cơ quan thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch kiểm tra.
c) Do xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.
d) Do thực hiện đánh giá lại rủi ro trên ứng dụng quản lý rủi ro sau khi báo cáo tài chính năm gần nhất được cập nhật theo văn bản hướng dẫn của Cục Thuế.
đ) Do người nộp thuế có sự thay đổi về trạng thái hoạt động hoặc tình trạng pháp lý hoặc do bất khả kháng dẫn đến không thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, bao gồm các trường hợp: Người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh; người nộp thuế đang bị các cơ quan tiến hành tố tụng khởi tố, điều tra, đình chỉ hoạt động hoặc bị thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh.
e) Trường hợp đến cuối năm cơ quan thuế chưa thực hiện kiểm tra hết người nộp thuế trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt thì các trường hợp người nộp thuế còn lại chưa kiểm tra hết phải ưu tiên chuyển sang kiểm tra trước khi thực hiện kế hoạch năm sau liền kề.
Điều 26. Chuẩn bị Kiểm tra tại trụ sở của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
1. Ban hành Quyết định kiểm tra thuế
Tất cả các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đều phải ban hành Quyết định kiểm tra. Quyết định kiểm tra thuế thực hiện theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 nậm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và phải nêu rõ nội dung kiểm tra, thời kỳ kiểm tra. Cụ thể:
a) Đối với trường hợp kiểm tra thuế theo kế hoạch, chuyên đề:
Nội dung kiểm tra: phân tích nội dung các tiêu chí rủi ro khi lập kế hoạch, chuyên đề để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ có các nội dung rủi ro cần kiểm tra tương ứng và các thời kỳ có liên quan.
b) Đối với trường hợp kiểm tra được chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế sang trụ sở người nộp thuế:
Nội dung kiểm tra: Kiểm tra các nội dung còn cần phải giải trình bổ sung, thông tin tài liệu và các nội dung rủi ro khác do bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phân tích, đánh giá rủi ro xác định trước khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ liên quan đến các nội dung cần kiểm tra nêu trên.
c) Đối với các trường hợp kiểm tra người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật:
Nội dung kiểm tra: phân tích các nội dung có dấu hiệu vi phạm để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là thời kỳ liên quan đến các nội dung có dấu hiệu vi phạm.
d) Đối với kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế
Nội dung kiểm tra: Công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế xác định các nội dung đang yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế để xác định nội dung kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: Là kỳ có nội dung cần yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
đ) Đối với các trường hợp kiểm tra theo kiến nghị của cơ quan có thẩm quyền, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.
Nội dung kiểm tra: đối với kiểm tra theo những kiến nghị, chỉ đạo đã xác định được nội dung cần kiểm tra thì thực hiện kiểm tra theo nội dung đã được xác định. Trường hợp thực hiện kiểm tra theo kiến nghị chỉ đạo chưa xác định được nội dung kiểm tra thì công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế phải thực hiện phân tích rủi ro để xác định nội dung cần kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ liên quan đến các nội dung cần kiểm tra.
e) Đối với trường hợp kiểm tra hoàn thuế nộp thừa:
Nội dung kiểm tra: Kiểm tra theo nội dung đề nghị hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế.
Thời kỳ kiểm tra: Kỳ hoàn thuế theo nội dung kiểm tra.
g) Đối với kiểm tra các trường hợp chấm dứt hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.
Nội dung kiểm tra: công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thực hiện phân tích để xác định nội dung cần kiểm tra.
Thời kỳ kiểm tra: là thời kỳ chưa được kiểm tra liên quan đến các nội dung cần kiểm tra.
h) Ngoài các nội dung rủi ro theo từng trường hợp nêu trên, khi trình ban hành Quyết định kiểm tra, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có thể thực hiện thu thập dữ liệu trên hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin của ngành thuế, phân tích rủi ro từ phân tích nghiệp vụ, thông tin từ thực tế công tác quản lý thuế, thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (nếu có) để xác định thêm nội dung, phạm vi kiểm tra thuế.
i) Hồ sơ trình ban hành Quyết định kiểm tra gồm:
i.1) Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra, thời kỳ kiểm tra được ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.
i.2) Dự thảo Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
i.3) Phiếu phân tích, đánh giá rủi ro xác định nội dung, thời kỳ rủi ro theo Mẫu số 07/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này để ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro; các tài liệu kèm theo thông báo giải trình, bổ sung hồ sơ và thông báo yêu cầu khai bổ sung thuế và phiếu nhận xét đề xuất kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (nếu có).
i.4) Dự thảo hồ sơ giám sát hoạt động đoàn kiểm tra (hồ sơ giám sát hoạt động đoàn kiểm tra được trình kèm cùng với hồ sơ trình ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Thủ tục về giám sát hoạt động đoàn kiểm tra được thực hiện theo Quy chế giám sát hoạt động của đoàn kiểm tra thuế).
2. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế chậm nhất là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định. Trường hợp cơ quan thuế hoặc bộ phận không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 (một) bản cho cơ quan thuế hoặc bộ phận trực tiếp quản lý người nộp thuế làm đầu mối chuyển cho các bộ phận có liên quan.
3. Phân công công việc trong đoàn kiểm tra: Trước khi công bố quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kiểm tra từng phần việc theo nội dung ghi trong quyết định kiểm tra (theo Mẫu số 09/QTKT-HKD,CNKD).
4. Bãi bỏ Quyết định kiểm tra; hoãn thời gian tiến hành kiểm tra; tạm dừng kiểm tra trong quá trình kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra.
a) Bãi bỏ Quyết định kiểm tra.
Các trường hợp bãi bỏ Quyết định kiểm tra được quy định tại điểm c khoản 7 Điều 88 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 09/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Hồ sơ trình bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế gồm: Tờ trình nêu rõ lý do bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế; Dự thảo Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế (mẫu 09/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính); Các tài liệu trình kèm lý do bãi bỏ.
b) Hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi công bố Quyết định kiểm tra:
Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế, nhưng trước khi công bố quyết định kiểm tra, người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra mà có lý do chính đáng, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãn hoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế về việc hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi hết thời hạn công bố Quyết định kiểm tra theo mẫu số 10/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
c) Tạm dừng kiểm tra trong quá trình kiểm tra:
Trong quá trình kiểm tra, trường hợp có lý do bất khả kháng ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cuộc kiểm tra hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phái tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế hoặc người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra mà có lý do chính đáng thì trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra xem xét ban hành thông báo tạm dừng kiểm tra theo mẫu số 10/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
d) Điều chỉnh Quyết định kiểm tra:
Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh về Quyết định kiểm tra (thay đổi trưởng đoàn, điều chỉnh thành viên đoàn kiểm tra, điều chỉnh nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 11/KTT, 12/KTT, 13/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Hồ sơ trình điều chỉnh Quyết định kiểm tra thuế gồm: Tờ trình nêu rõ lý do điều chỉnh Quyết định kiểm tra thuế; Dự thảo Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra thuế (mẫu 11/KTT, 12/KTT, 13/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính); Phiếu phân tích, đánh giá rủi ro để bổ sung nội dung, thời kỳ rủi ro hoặc thông tin, tài liệu nhận định rủi ro (nếu có).
5. Trường hợp người nộp thuế vẫn đang hoạt động kinh doanh bình thường vẫn thực hiện kê khai thuế, khi cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra nhưng người nộp thuế không nhận Quyết định kiểm tra, hoặc cố tình trốn tránh không chấp hành Quyết định kiểm tra thì đoàn kiểm tra thực hiện lập biên bản vi phạm hành chính theo quy định tại Điều 15 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ được sửa đổi bổ sung bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định số 310/2025/NĐ-CP ngày 02 tháng 12 năm 2025; trên cơ sở biên bản vị phạm hành chính về việc người nộp thuế không chấp hành kiểm tra thuế, đoàn kiểm tra báo cáo Người ban hành Quyết định kiểm tra để xử phạt vi phạm hành chính, áp dụng các biện pháp quản lý thuế (nếu có). Trường hợp người nộp thuế đã bị xử phạt về hành vi không chấp hành Quyết định kiểm tra, nhưng vẫn tiếp tục không chấp hành Quyết định kiểm tra thì cơ quan thuế xem xét áp dụng cưỡng chế thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Điều 36, Điều 37 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Chính phủ hướng dẫn Luật Quản lý thuế.
Biên bản vi phạm hành chính được lập, nếu người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã, phường nơi xảy ra vi phạm hoặc có ít nhất 01 (một) người chứng kiến xác nhận. Trường hợp không có sự xác nhận của chính quyền hoặc của người chứng kiến thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
Điều 27. Kiểm tra tại trụ sở Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh
1. Công bố Quyết định kiểm tra thuế.
Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 (mười) ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra thuế trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế hoặc hoãn thời gian kiểm tra. Khi bắt đầu kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để người nộp thuế hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Sau khi công bố Quyết định kiểm tra, đoàn kiểm tra thuế và người nộp thuế phải có biên bản công bố Quyết định kiểm tra được lập theo mẫu số 08/KTT ban hành kèm Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản công bố Quyết định kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện xử lý như trường hợp người nộp thuế không nhận Quyết định kiểm tra, hoặc cố tình trốn tránh không chấp hành Quyết định kiểm tra.
2. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
a) Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong Quyết định kiểm tra thuế.
e) Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.
b) Căn cứ phân công công việc của trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện các công việc theo phân công của trưởng đoàn kiểm tra. Căn cứ phân công công việc của từng thành viên đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra được quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế không có trên hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành thuế. Thành viên đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra, đối chiếu các nội dung đã phân tích, đánh giá rủi ro và các nội dung thuộc phạm vi Quyết định kiểm tra với các hồ sơ tài liệu thu thập khi kiểm tra.
c) Trong quá trình thực hiện kiểm tra, đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, các tài liệu có liên quan trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.
Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán thì đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ theo quy định, mà không yêu cầu in ra giấy.
Trường hợp cần phải tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế, thì Trưởng đoàn kiểm tra thuế được quyền quyết định tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế hoặc Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế có Quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định tại Điều 23 của Luật Quản lý thuế.
đ) Trường hợp người nộp thuế cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 06 giờ làm việc, kể từ khi nhận được yêu cầu của đoàn kiểm tra hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác về thông tin, tài liệu, sổ kế toán liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo yêu cầu của đoàn kiểm tra trong thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và áp dụng xử phạt theo quy định tại Điều 15 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ được sửa đổi bổ sung bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định số 310/2025/NĐ-CP ngày 02 tháng 12 năm 2025.
Việc xử phạt vi phạm hành chính được thực hiện thông qua biên bản vi phạm hành chính có chữ ký của người nộp thuế hoặc đại diện người nộp thuế. Trường hợp người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã, phường nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất 1 người chứng kiến xác nhận. Trường hợp không có sự xác nhận của chính quyền hoặc của người chứng kiến thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
c) Trong quá trình kiểm tra tại trụ sở hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nếu nội dung phát hiện qua kiểm tra mà các nội dung này khi ban hành Quyết định xử lý hoặc Kết luận kiểm tra có thể dẫn đến khiếu nại của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh về kết quả xử lý thì Trưởng đoàn kiểm tra phải tập hợp hồ sơ, tài liệu có liên quan đến nội dung vướng mắc để báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra.
Khi nhận được văn bản, hồ sơ xin ý kiến của trưởng đoàn kiểm tra về những vướng mắc khi tiến hành kiểm tra thì Lãnh đạo bộ phận kiểm tra phải đưa ra ý kiến chỉ đạo xử lý bằng văn bản, nếu còn vướng mắc thì có văn bản xin ý kiến Người ra quyết định kiểm tra trong thời gian 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo nội dung vướng mắc của Trưởng đoàn kiểm tra.
Trường hợp phải lấy ý kiến các bộ phận khác hoặc xin ý kiến cơ quan cấp trên thì Lãnh đạo bộ phận kiểm tra báo cáo Người ra quyết định kiểm tra có văn bản lấy ý kiến. Văn bản lấy ý kiến được gửi trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo của Lãnh đạo bộ phận kiểm tra.
Khi nhận được ý kiến tham gia thì trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc đoàn kiểm tra phải tổng hợp báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra trình Người ban hành Quyết định kiểm tra để xem xét, quyết định.
g) Trong quá trình kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế, xác định trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp hoặc xác định cần thiết phải gia hạn kiểm tra để xử lý nội dung vướng mắc có khả năng xảy ra khiếu nại thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Lãnh đạo phụ trách để trình Người ban hành Quyết định kiểm tra chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc trước khi kết thúc thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định gia hạn kiểm tra (theo mẫu số 07/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính), việc gia hạn kiểm tra không quá 01 lần, thời hạn gia hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 20 (hai mươi) ngày.
Kết thúc kiểm tra phần công việc được giao, thành viên đoàn kiểm tra phải lập biên bản xác nhận số liệu với đại diện người nộp thuế (theo Mẫu số 11/QTKT- HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này). Thành viên đoàn kiểm tra chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực, khách quan của biên bản xác nhận số liệu kiểm tra.
h) Trường hợp đoàn kiểm tra thuế đã công bố Quyết định kiểm tra thuế nhưng Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thể sắp xếp được địa điểm, hoặc không có địa điểm để cơ quan thuế thực hiện việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thì địa điểm kiểm tra có thể thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế trên cơ sở văn bản đề nghị của Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh về việc đề xuất thay đổi địa điểm kiểm tra.
3. Lập biên bản kiểm tra thuế:
a) Biên bản kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được lập theo Mẫu số 14/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Căn cứ để lập biên bản kiểm tra là số liệu và tình hình được phản ánh trong biên bản kiểm tra từng phần việc mà trưởng đoàn kiểm tra đã giao cho từng thành viên trong đoàn thực hiện. Kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra phải được thống nhất trong đoàn kiểm tra trước khi công bố công khai với người nộp thuế. Nếu kết quả tại biên bản kiểm tra không thống nhất với số liệu và tình hình của biên bản xác nhận số liệu của thành viên đoàn kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra có quyền quyết định và chịu trách nhiệm về nội dung biên bản kiểm tra. Trong trường hợp này, thành viên trong đoàn kiểm tra có quyền bảo lưu số liệu theo biên bản từng phần việc được giao.
b) Biên bản kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được lập bao gồm các nội dung sau:
b.1) Mô tả đặc điểm tình hình chung về hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế. Nếu kết quả số liệu theo nội dung đã kiểm tra của đoàn kiểm tra so với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân có sự chênh lệch.
b.2) Phạm vi, thời kỳ kiểm tra: nêu rõ phạm vi và thời kỳ kiểm tra theo Quyết định kiểm tra.
b.3) Kết luận về từng nội dung kiểm tra, xác định số thuế phải nộp tăng thêm qua kiểm tra, số thuế không đủ điều kiện được hoàn, xác định hành vi, mức độ vi phạm, đề xuất biện pháp xử lý theo thẩm quyền. Kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của đoàn kiểm tra.
b.4) Quyền và thời hạn giải trình của người nộp thuế.
c) Khi kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, dự thảo biên bản kiểm tra phải được công bố công khai trước đoàn kiểm tra, người nộp thuế và bàn giao cho người nộp thuế để có ý kiến, giải trình (nếu có) và ký biên bản kiểm tra. Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện lập biên bản công khai và bàn giao dự thảo biên bản kiểm tra theo mẫu số 15/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Nếu người nộp thuế yêu cầu, Trưởng đoàn kiểm tra thuế phải giải thích các nội dung chưa rõ trong dự thảo biên bản kiểm tra thuế. Trường hợp người nộp thuế không yêu cầu giải trình, thì phải được ghi rõ ý kiến vào biên bản. Trường hợp người nộp thuế có ý kiến giải trình với đoàn kiểm tra, việc giải trình, hoàn thiện biên bản kiểm tra, ký biên bản kiểm tra phải được thực hiện trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế vẫn có ý kiến giải trình thì hình thức và thời hạn giải trình phải được ghi nhận tại biên bản kiểm tra. Việc giải trình và xem xét ý kiến giải trình được thực hiện theo quy định tại Điều 17 Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2021 của Chính phủ.
d) Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận thành mục riêng tại biên bản kiểm tra phần nội dung vướng mắc đang chờ xin ý kiến và được tách riêng với kết quả kiểm tra; khi có kết quả trả lời thì đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra lập Phụ lục biên bản theo mẫu số 16/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính để tiếp tục xử lý theo quy định của pháp luật.
đ) Trường hợp hết thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày công khai dự thảo biên bản kiểm tra thuế người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra thuế thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản kiểm tra (theo quy định của Nghị định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn), báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế để báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định. Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra, thì biên bản kiểm tra phải có chữ ký của trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất một người chứng kiến xác nhận việc người nộp thuế không ký vào biên bản; trường hợp không có chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã hoặc của người chứng kiến, thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.
e) Trường hợp kể từ ngày lập biên bản kiểm tra, người nộp thuế có ý kiến giải trình hoặc đề nghị gia hạn thời hạn giải trình bằng văn bản trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc; hoặc có văn bản yêu cầu được giải trình trực tiếp trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc thì việc xem xét ý kiến giải trình được thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3 và khoản 4 Điều 61 Luật Xử lý vi phạm hành chính.
Khi đoàn kiểm tra được giao xem xét ý kiến giải trình mà kết quả có sự thay đổi so với biên bản kiểm tra đã lập thì đoàn kiểm tra căn cứ vào biên bản kiểm tra đã lập, văn bản giải trình của người nộp thuế hoặc biên bản giải trình trực tiếp để báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xử lý theo quy định.
a) Biên bản kiểm tra phải được lập tối thiểu là 04 bản, có giá trị pháp lý như nhau;
- 01 bản người nộp thuế giữ.
- 01 bản Trưởng đoàn kiểm tra giữ.
- 01 bản gửi cho Bộ phận quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh.
- 01 bản lưu tại bộ phận thực hiện kiểm tra thuế.
Trường hợp cơ quan thuế hoặc bộ phận thực hiện kiểm tra thuế không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 bản cho cơ quan thuế hoặc bộ phận trực tiếp quản lý người nộp thuế.
4. Xử lý kết quả kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:
a) Chậm nhất là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế về kết quả kiểm tra thuế (mẫu số 12/QTKT-HKD,CNKD ban hành kèm theo Quy trình này) và dự thảo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế (mẫu số MQĐ02 ban hành kèm theo Nghị định số 68/2025/NĐ-CP ngày 18 tháng 03 năm 2025 của Chính phủ) hoặc Kết luận kiểm tra thuế (mẫu số 17/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
b) Trường hợp biên bản kiểm tra thuế có ghi nhận nội dung vướng mắc chờ xin ý kiến, thì Báo cáo kết quả kiểm tra thuế và Kết luận kiểm tra thuế (nếu có) phải nêu rõ chưa xử lý những nội dung còn vướng mắc. Đối với các nội dung còn vướng mắc, sau khi nhận được ý kiến tham gia thì tiếp tục xử lý theo quy định của pháp luật.
c) Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến phải xử lý truy thu về thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Thủ trưởng cơ quan thuế căn cứ vào từng trường hợp để ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo mẫu số MQĐ02 ban hành kèm theo Nghị định số 68/2025/NĐ-CP ngày 18 tháng 03 năm 2025 của Chính phủ, cụ thể:
c.1) Thời hạn không quá 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế không có yêu cầu giải trình theo quy định tại Điều 61 Luật Xử lý vi phạm hành chính, hoặc đã ghi rõ ý kiến trong biên bản kiểm tra về việc không thực hiện quyền giải trình.
c.2) Thời hạn trong vòng 01 (một) tháng, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế có yêu cầu giải trình trong thời hạn luật định, hoặc cơ quan thuế phải tiến hành xác minh các tình tiết vi phạm hành chính.
c.3) Thời hạn trong vòng 02 (hai) tháng, kể từ ngày ký biên bản kiểm tra: Áp dụng đối với trường hợp vụ việc có tình tiết đặc biệt nghiêm trọng hoặc có nhiều tình tiết phức tạp, cần có thêm thời gian để xác minh và thu thập chứng cứ.
d) Trường hợp không phải xử lý truy thu về thuế; không phải xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì trong thời hạn không quá 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra, Thủ trưởng cơ quan thuế phải ký kết luận kiểm tra thuế theo mẫu số 17/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
đ) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế được gửi cho các bộ phận sau:
- 01 bản gửi cho người nộp thuế.
- 01 bản lưu hồ sơ.
- 01 bản trưởng đoàn kiểm tra lưu.
- 01 bản gửi cho Bộ phận quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
- 01 bản lưu tại bộ phận thực hiện kiểm tra thuế cùng với Quyết định kiểm tra và biên bản kiểm tra thuế.
e) Trường hợp cơ quan thuế không trực tiếp quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra thì gửi 01 (một) bản cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế làm đầu mối chuyển cho các bộ phận có liên quan.
g) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế được giao trực tiếp hoặc gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm và thông báo cho tổ chức, cá nhân vi phạm trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày ra Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Trường hợp Quyết định xử phạt được giao trực tiếp thi công chức giao Quyết định xử phạt phải lập biên bản về việc giao Quyết định xử phạt. Đối với trường hợp Quyết định được giao trực tiếp mà cá nhân, tổ chức vi phạm cố tình không nhận Quyết định thì Người có tham quyền lập biên bản về việc không nhận Quyết định có xác nhận của chính quyền địa phương và được coi là Quyết định đã được giao. Đối với trường hợp gửi qua bưu điện bằng hình thức bảo đảm, nếu sau thời hạn 10 (mười) ngày, kể từ ngày Quyết định xử phạt vi phạm đã được gửi qua đường bưu điện đến lần thứ ba mà bị trả lại do tổ chức, cá nhân vi phạm cố tình không nhận hoặc bưu điện không liên hệ được với tổ chức vi phạm; Quyết định xử phạt vi phạm đã được niêm yết tại nơi cư trú của cá nhân, trụ sở của tổ chức bị xử phạt hoặc có căn cứ cho rằng người vi phạm trốn tránh không nhận Quyết định xử phạt thì được coi là Quyết định đã được giao.
h) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế hoặc khi kết thúc kiểm tra mà phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.
Hồ sơ chuyển cơ quan điều tra được thực hiện theo Quy chế chuyển tin báo, hồ sơ kiến nghị khởi tố đối với hành vi vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu tội phạm đến Cơ quan Điều tra.
5. Ghi nhật ký kiểm tra.
Trưởng đoàn kiểm tra và thành viên đoàn kiểm tra phải ghi nhật ký kiểm tra, việc ghi nhật ký được thực hiện bằng hình thức ghi điện tử. Các bước thực hiện ghi nhật ký điện tử được thực hiện theo Quy trình quản lý, sử dụng và vận hành ứng dụng nhật ký kiểm tra do Cục trưởng Cục Thuế ban hành.
6. Giám sát đoàn kiểm tra.
Trưởng đoàn kiểm tra và thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện các yêu cầu về giám sát đoàn kiểm tra theo quy định của pháp luật và Quy chế giám sát hoạt động của đoàn kiểm tra thuế do Cục trưởng Cục Thuế ban hành.
7. Theo dõi, đôn đốc thực hiện kết quả sau kiểm tra.
Bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có trách nhiệm phối hợp với Bộ phận quản lý, hỗ trợ hộ kinh doanh theo dõi và đôn đốc việc thực hiện nộp các khoản thuế truy thu, truy hoàn, tiền phạt theo kết quả kiểm tra ghi trên Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế vào ngân sách nhà nước theo đúng quy định.
Điều 28. Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
Các trường hợp kiểm tra lại được thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
a) Cục Thuế kiểm tra lại vụ việc của Thuế tỉnh, thành phố.
b) Thuế tỉnh, thành phố kiểm tra lại vụ việc của Thuế cơ sở.
c) Thời hạn kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Thời hiệu kiểm tra lại là 02 năm kể từ ngày ký kết luận kiểm tra, quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế.
d) Nhiệm vụ, quyền hạn của người ra quyết định kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
đ) Trình tự thủ tục kiểm tra lại được thực hiện đầy đủ các bước như một cuộc kiểm tra thông thường theo quy định tại Điều 27 Quy trình này.
Điều 29. Nguyên tắc, địa điểm kiểm tra thuế đối với người nộp thuế là cá nhân
1. Nguyên tắc áp dụng: Việc kiểm tra hồ sơ thuế của cá nhân được dựa trên nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin, kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử theo quy định tại Điều 6 Quy trình này.
2. Địa điểm kiểm tra: Công tác kiểm tra thuế đối với cá nhân được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế.
Điều 30. Tiếp nhận, lập danh sách kiểm tra đối với nguôi nộp thuế là cá nhân
1. Tiếp nhận danh sách kiểm tra hồ sơ thuế từ Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế
Việc xác định danh sách người nộp thuế là cá nhân có hồ sơ thuế rủi ro cao để kiểm tra được tuân theo quy định tại Quy trình áp dụng quản lý rủi ro trong lựa chọn hồ sơ khai thuế do Cục Thuế ban hành.
Trên cơ sở danh sách cá nhân có hồ sơ thuế rủi ro cao cần kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt trên Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế, Bộ phận quản lý, hỗ trợ cá nhân tiếp nhận danh sách kiểm tra thuế và thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định tại Điều 31 Quy trình này.
2. Lập danh sách kiểm tra hồ sơ thuế qua thực tế quản lý:
Trường hợp chưa có ứng dụng hỗ trợ đánh giá rủi ro hoặc qua thực tế quản lý thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phát hiện cá nhân có hồ sơ thuế rủi ro cao, thì thực hiện lập danh sách theo trình tự sau:
a) Thu thập thông tin và lập phiếu đề xuất: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế căn cứ vào dấu hiệu như: Các biến động bất thường về dòng tiền, cá nhân có thu nhập hai nơi trở lên nhưng không tự quyết toán, trùng lặp người phụ thuộc hoặc người phụ thuộc có mức thu nhập bình quân năm cao hơn quy định để được tính giảm trừ gia cảnh, có tần suất giao dịch chuyển nhượng bất động sản nhiều trong thời gian ngắn,... hoặc thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (ngân hàng, cơ quan thanh tra, báo chí, truyền thông...), thực hiện rà soát, đối chiếu, phân tích thông tin đã thu thập với cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế, quy định pháp luật về thuế; lập Phiếu để xuất kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 01/QTKT-CN ban hành kèm theo Quy trình này. Phiếu đề xuất kiểm tra phải được mô tả cụ thể hành vi hoặc dấu hiệu rủi ro phát hiện và tổng hợp vào Danh sách người nộp thuế là cá nhân có rủi ro cao qua thực tế quản lý.
b) Trình Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế toàn bộ hồ sơ rủi ro đã thu thập. Lãnh đạo bộ phận có trách nhiệm xem xét, thẩm định các dấu hiệu rủi ro và ký xác nhận.
c) Lãnh đạo bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét, phê duyệt và phân công Danh sách kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế qua thực tế quản lý cho công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế (theo Mẫu số 02/QTKT-CN ban hành kèm theo Quy trình này). Danh sách được phê duyệt là căn cứ để bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu người nộp thuế là cá nhân giải trình, bổ sung, thông tin tài liệu.
Danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể điều chỉnh tùy thuộc vào thực tế phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp quyết định.
Điều 31. Xử lý danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đối với cá nhân
1. Phân công kiểm tra hồ sơ thuế đã được duyệt
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế phải kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, lãnh đạo bộ phận quản lý, hỗ trợ cá nhân trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt Danh sách phân công người nộp thuế cho công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế chịu trách nhiệm thực hiện việc kiểm tra (trường hợp Danh sách kiểm tra được duyệt qua thực tế quản lý, Thủ trưởng cơ quan thuế đã thực hiện phân công cùng lúc khi phê duyệt danh sách).
2. Trình tự rà soát, kiểm tra
a) Bước 1: Rà soát hồ sơ thuế
a.1) Trên cơ sở danh sách người nộp thuế có rủi ro cao đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt. Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện rà soát các nội dung rủi ro cao theo kết quả chạy phân tích, đánh giá rủi ro từ ứng dụng. Hệ thống ứng dụng hỗ trợ đưa ra các chỉ số tiêu chí có rủi ro cao. Việc rà soát các nội dung rủi ro được thực hiện thông qua đối chiếu, so sánh, phân tích nội dung rủi ro cao của hồ sơ thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế, quy định pháp luật về thuế liên quan đến số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:
- Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế.
- Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với dữ liệu tổng hợp quyết toán thuế thu nhập cá nhân do ứng dụng hỗ trợ tự động tổng hợp.
- Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) của kỳ kê khai trước.
- Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.
a.2) Kết thúc rà soát: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 03/QTKT-CN ban hành kèm theo Quy trình này đối với các nội dung đã thực hiện rà soát.
a.3) Đối với hồ sơ thuế ứng dụng cảnh báo rủi ro cao nhưng kết quả rà soát thực tế không có dấu hiệu vi phạm: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế lập danh sách hồ sơ chưa phát hiện khai sai, không chính xác cùng phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 03/QTKT-CN báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
Thực hiện Bước 2 sau đây đối với các hồ sơ rà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác
Đối với danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý cơ quan thuế không thực hiện Bước rà soát mà Ban hành thông báo lần 1 theo trình tự dưới đây.
b) Bước 2: Ban hành thông báo (lần 1) và xử lý kết quả sau khi ban hành Thông báo lần 1
b.1) Ban hành thông báo (lần 1)
Trên cơ sở danh sách người nộp thuế qua rà soát có dấu hiệu khai sai, không chính xác từ bước 1 chuyển sang hoặc từ danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý đã được Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Thông báo (lần 1) theo Mẫu số 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua rà soát hồ sơ thuế.
Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu lần 1:
- Tờ trình kèm theo.
- Dự thảo thông báo lần 1 (mẫu số 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
- Bản nhận xét hồ sơ thuế.
- Hồ sơ thuế.
Thời hạn người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.
b.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 1
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế xử lý như sau:
c) Bước 3: Ban hành thông báo (lần 2) và xử lý sau khi ban hành thông báo lần 2.
c.1) Ban hành Thông báo lần 2
Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tài liệu lần 2, trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày:
- Người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuê là chính xác hoặc có những nội dung cân làm rõ thêm.
- Đã hết thời hạn theo Thông báo lần 1 nhưng người nộp thuế không thực hiện giải trình hoặc không cung cấp thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế.
*Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo lần 2 gồm:
+ Tờ trình kèm theo.
+ Dự thảo thông báo lần 2 (Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính).
+ Bản giải trình, các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần 1.
+ Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.
Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ thuế không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 (hai) lần.
c.2) Xử lý kết quả sau khi ban hành thông báo lần 2
Căn cứ vào kết quả giải trình, cung cấp thông tin tài liệu của người nộp thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế xử lý như sau:
3. Trường hợp qua rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế và thông tin, tài liệu giải trình lần 1, lần 2 của người nộp thuế mà cơ quan thuế có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm thì cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, Đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 05/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trình tự kiểm tra như sau:
a) Ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
b) Công bố Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
c) Thực hiện kiểm tra để thu thập, bổ sung thêm thông tin, tài liệu làm căn cứ xử lý vi phạm, Cơ quan thuế chỉ được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung, phạm vi kiểm tra đã xác định có rủi ro vi phạm nêu trên;
d) Lập biên bản kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
đ) Báo cáo kết quả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;
e) Xử lý theo quy định đối với vi phạm phát hiện qua kiểm tra;
g) Lưu hồ sơ kiểm tra;
h) Nhập nhật ký kiểm tra theo quy định.
Trường hợp phải tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra vì lý do, sự kiện bất khả kháng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra để tạm hoãn, tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
4. Trường hợp khi cơ quan thuế ban hành thông báo lần 1, lần 2 mà người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu vì lý do bất khả kháng thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế xem xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trường cơ quan thuế quyết định việc hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu trên cơ sở thực tế lý do bất khả kháng. Thông báo hoãn thời gian giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo Mẫu số 04/QTK.T-CN ban hành kèm theo Quy trình này.
5. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua đường bưu điện.
Điều 32. Phương thức kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử (phương thức điện tử trong kiểm tra thuế).
1. Nguyên tắc áp dụng
Tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế; đảm bảo tính chính xác, khách quan, minh bạch; đảm bảo an toàn và bảo mật thông tin dữ liệu; Tài liệu điện tử có giá trị pháp lý tương đương tài liệu giấy theo quy định; Giao dịch điện tử trong kiểm tra thuế phải đảm bảo điều kiện công nghệ thông tin.
2. Phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong công tác kiểm tra thuế.
a) Giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong công tác kiểm tra thuế tuân thủ theo các quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuê theo các quy định của Bộ Tài chính, Cục Thuế hướng dẫn về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
b) Giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong công tác kiểm tra thuế là các giao dịch gửi và nhận chứng từ điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế của cơ quan thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế với người nộp thuế bằng phương tiện điện tử thông qua Cổng giao tiếp điện tử của Cục Thuế hoặc qua các Cổng thông tin điện tử khác theo quy định của Bộ Tài chính.
3. Chứng từ điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế là các văn bản, thông tin, tài liệu được số hóa, tạo ra, gửi đi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử khi cơ quan thuế, công chức thuế, người nộp thuế thực hiện giao dịch thuế điện tử để phục vụ công tác kiểm tra thuế và đáp ứng đủ điều kiện theo quy định của Bộ Tài chính, Cục Thuế hướng dẫn về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
Chứng từ điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế bao gồm:
a) Thông báo:
- Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu;
- Thông báo/Phiếu/Yêu cầu về việc cung cấp thông tin, tài liệu phục vụ công tác kiểm tra thuế;
- Thông báo về việc cung cấp thông tin bằng trả lời trực tiếp phục vụ công tác kiểm tra thuế;
- Thông báo về việc hoãn thời gian kiểm tra;
- Thông báo xác nhận tài liệu, thông tin đã được tiếp nhận (cung cấp) từ người nộp thuế;
- Các thông báo khác phục vụ công tác kiểm tra thuế.
b) Biên bản:
- Biên bản công bố Quyết định kiểm tra;
- Biên bản làm việc về việc cung cấp thông tin;
- Biên bản làm việc về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu;
- Biên bản xác định số liệu kiểm tra với đại diện người nộp thuế;
- Biên bản kiểm tra, biên bản vi phạm hành chính;
- Kết luận kiểm tra thuế;
- Các biên bản khác liên quan đến công tác kiểm tra thuế.
c) Quyết định:
- Quyết định về việc kiểm tra thuế (bao gồm Quyết định kiểm tra và Quyết định giám sát đoàn kiểm tra thuế);
- Quyết định về việc bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế;
- Quyết định về việc bãi bỏ Quyết định giám sát đoàn kiểm tra thuế.
- Quyết định về việc gia hạn thời hạn kiểm tra thuế;
- Quyết định về việc xử lý thuế qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế.
d) Hồ sơ, thông tin, tài liệu của người nộp thuế:
- Hồ sơ pháp lý, chứng từ, sổ sách kế toán của người nộp thuế;
- Văn bản xin hoãn, tạm dừng thời gian thực hiện kiểm tra;
- Biên bản làm việc; biên bản xác nhận số liệu; biên bản kiểm tra; biên bản xác nhận cung cấp văn bản, thông tin tài liệu với đoàn kiểm tra;
- Văn bản giải trình, thông tin tài liệu có liên quan của người nộp thuế.
4. Trình tự, thủ tục khi áp dụng phương thức giao dịch điện tử trong kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo thông báo giải trình được thực hiện theo quy định tại Điều 8, Điều 20, Điều 31 của Quy trình này; Trình tự, thủ tục khi áp dụng phương thức giao dịch điện tử trong kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quyết định kiểm tra được thực hiện theo quy định tại Điều 17, Điều 27 của Quy trình này.
5. Áp dụng phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong công tác kiểm tra thuế.
a) Đối với thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu tại trụ sở cơ quan thuế.
a.1) Sau khi thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu được ban hành, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện liên lạc với người nộp thuế để hướng dẫn và thống nhất phương thức giao dịch điện tử trong giải trình, bổ sung thông tin tài liệu phục vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
a.2) Trường hợp người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu bằng phương thức giao dịch điện tử, thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện kiểm tra theo trình tự quy định tại các Điều 8, Điều 20, Điều 31 của Quy trình này.
a.3) Khi tiếp nhận chứng từ điện tử phục vụ kiểm tra thuế, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phải lập Phiếu xác nhận các chứng từ điện tử (hồ sơ, thông tin, tài liệu bổ sung, giải trình) đã tiếp nhận và gửi cho người nộp thuế bằng phương thức giao dịch điện tử.
a.4) Trường hợp hồ sơ thuế được chấp nhận: công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt, lưu trữ điện tử đối với hồ sơ giải trình, thông tin, tài liệu do người nộp thuế cung cấp cùng hồ sơ thuế điện tử của người nộp thuế.
a.5) Trường hợp phải lập biên bản vi phạm hành chính về thuế thì công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế gửi cho người nộp thuế bang phương thức giao dịch điện tử và xử lý theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính.
a.6) Khi ấn định số thuế phải nộp, công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế có thể thực hiện gửi thông báo ấn định, Quyết định ấn định bằng phương thức giao dịch điện tử tới người nộp thuế. Cơ quan thuế thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Điều 36, Điều 37 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Chính phủ.
b) Áp dụng phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:
b.1) Sau khi Quyết định kiểm tra được ban hành, đoàn kiểm tra thực hiện liên lạc với người nộp thuế để hướng dẫn và thống nhất áp dụng phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế thống nhất áp dụng phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế trong công tác kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, thì đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra theo trình tự quy định tại các Điều 17, Điều 27 Quy trình này đồng thời ghi nhật ký kiểm tra:
Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế thông qua phương thức giao dịch điện tử phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trên Quyết định kiểm tra.
b.2) Trường hợp công bố Quyết định kiểm tra thông qua phương thức giao dịch điện tử thì đoàn kiểm tra thuế và người nộp thuế phải có biên bản xác nhận đã nhận, hiểu và chấp hành Quyết định kiểm tra áp dụng phương thức giao dịch điện tử theo mẫu số 01/QTKT-MC ban hành kèm theo Quy trình này. Ngày bắt đầu cuộc kiểm tra được tính từ ngày ghi trên biên bản xác nhận đã nhận, hiểu và chấp hành Quyết định kiểm tra áp dụng phương thức giao dịch điện tử giữa người nộp thuế và đoàn kiểm tra.
- Phiếu yêu cầu cung cấp chứng từ điện tử (hồ sơ tài liệu) phục vụ công tác kiểm tra thuế được lập và gửi cho người nộp thuế bằng phương thức giao dịch điện tử. Khi nhận được chứng từ điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế từ người nộp thuế, đoàn kiểm tra phải lập Phiếu xác nhận các chứng từ điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế đã tiếp nhận và gửi cho người nộp thuế bằng phương thức giao dịch điện tử.
- Biên bản xác nhận số liệu có thể được lập, gửi và ký thông qua hình thức giao dịch điện tử giữa các thành viên đoàn kiểm tra và người nộp thuế.
c) Gửi và giao biên bản kiểm tra bằng phương thức giao dịch điện tử:
c.1) Dự thảo biên bản kiểm tra phải được công khai trước đoàn kiểm tra đồng thời công khai cho người nộp thuế bằng hình thức gửi theo phương thức giao dịch điện tử và thông báo cho người nộp thuế để có ý kiến, giải trình (nếu cỏ) và ký biên bản. Biên bản công khai dự thảo biên bản kiểm tra qua phương thức giao dịch điện tử (theo mẫu số 02/QTKT-MC ban hành kèm theo Quy trình này) được lập và ký theo phương thức giao dịch điện tử.
Việc trao đổi thông tin, ý kiến giải trình có thể được thực hiện bằng văn bản giao dịch điện tử.
c.2) Trường hợp hết thời hạn ký biên bản kiểm tra, người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra thuế thi Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện ký số vào biên bản kiểm tra và gửi cho người nộp thuế bằng phương thức giao dịch điện tử và thực hiện báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế để báo cáo Người có thẩm quyền ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
Đối với hành vi không ký biên bản, Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản kiểm tra, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế để báo cáo Người có thẩm quyền ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
c.3) Trường hợp biên bản kiểm tra ký theo phương thức giao dịch điện tử thì Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế phải thực hiện ký số vào biên bản và từng phụ lục kèm theo.
d) Giao, gửi Quyết định xử lý vi phạm về thuế, Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Quyết định ấn định thuế, kết luận kiểm tra bằng phương thức điện tử.
Quyết định xử lý vi phạm về thuế, Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Quyết định ấn định thuế, kết luận kiểm tra được gửi bằng phương thức giao dịch điện tử theo địa chỉ người nộp thuế đã đăng ký với cơ quan thuế.
6. Xử lý sự cố trong quá trình thực hiện giao dịch điện tử:
a) Trường hợp lỗi do hệ thống hạ tầng kỹ thuật, trang thiết bị của người nộp thuế xảy ra sự cố dẫn đến không thực hiện được giao dịch điện tử phục vụ công tác kiểm tra thuế mà người nộp thuế thông báo cho đoàn kiểm tra thông qua địa chỉ email của ngành thuế, thì sau 06 giờ làm việc kể từ khi nhận được thông báo, người nộp thuế vẫn chưa khắc phục được sự cố, đoàn kiểm tra hướng dẫn người nộp thuế chuyển phương thức giao dịch khác (giao dịch trực tiếp, qua đường bưu chính). Trong thời gian khắc phục sự cố lỗi kỹ thuật này (tính từ lúc người nộp thuế thông báo cho đoàn kiểm tra đến khi đoàn kiểm tra nhận được thông tin, tài liệu của người nộp thuế) cơ quan thuế ban hành thông báo tạm dừng kiểm tra theo Mẫu số 10/QTKT-TC đối với người nộp thuế là Tổ chức hoặc Mẫu số 10/QTKT-HKD,CNKD đối với người nộp thuế là Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, trong đó xác định rõ thời gian tạm dừng. Thời gian tạm dừng không tính vào thời gian kiểm tra.
b) Trường hợp lỗi do hệ thống hạ tầng kỹ thuật, trang thiết bị của cơ quan thuế dẫn đến việc không thực hiện được giao dịch điện tử thì đoàn kiểm tra phải liên lạc với bộ phận Công nghệ thông tin yêu cầu xác nhận và khắc phục sự cố, đồng thời liên lạc và thông báo với người nộp thuế. Trong thời gian khắc phục sự cố, nếu người nộp thuế có yêu cầu thì đoàn kiểm tra hướng dẫn người nộp thuế chuyển phương thức giao dịch khác. Trong thời gian khắc phục sự cố lỗi kỹ thuật này (tính từ thời điểm đoàn kiểm tra thông báo cho người nộp thuế đến khi đoàn kiểm tra nhận được thông tin, tài liệu của người nộp thuế) cơ quan thuế ban hành thông báo tạm dừng kiểm tra theo Mẫu số 10/QTKT-TC đối với người nộp thuế là Tổ chức hoặc Mẫu số 10/QTKT-HKD,CNKD đối với người nộp thuế là Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, trong đó xác định rõ thời gian tạm dừng. Thời gian tạm dừng không tính vào thời gian kiểm tra.
Điều 33. Nhập dữ liệu vào hệ thống.
1. Lãnh đạo cơ quan thuế phụ trách công tác kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế và tại trụ sở người nộp thuế có trách nhiệm chỉ đạo bộ phận kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, bộ phận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nhập toàn bộ dữ liệu về công tác kiểm tra bao gồm: kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế; kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, kiểm tra bằng phương thức giao dịch điện tử vào hệ thống hỗ trợ kiểm tra.
Việc nhập dữ liệu kiểm tra vào hệ thống hỗ trợ kiểm tra phải đảm bảo yêu cầu về thời gian phục vụ công tác báo cáo kết quả kiểm tra đột xuất và định kỳ theo quy định.
2. Ban Kiểm tra có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc Thuế tỉnh, thành phố; Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn; Chi cục Thuế thương mại điện tử nhập dữ liệu kiểm tra vào hệ thống hỗ trợ kiểm tra và tổng hợp tình hình thực hiện của Thuế tỉnh, thành phố; Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn; Chi cục Thuế thương mại điện tử, để báo cáo Cục Thuế làm căn cứ chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra thuế.
3. Thuế tỉnh, thành phố giao nhiệm vụ cho Phòng Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp, phòng Thuế cá nhân, hộ kinh doanh và thu khác, phòng Kiểm tra có trách nhiệm nhập dữ liệu kiểm tra vào hệ thống và giao cho một Phòng chủ trì đôn đốc các Thuế cơ sở nhập dữ liệu kiểm tra vào Hệ thống và tổng hợp tình hình thực hiện của các Thuế cơ sở để báo cáo Thuế tỉnh, thành phố làm căn cứ chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra thuế tại địa phương.
4. Trưởng đoàn kiểm tra chịu trách nhiệm về tính kịp thời, tính đầy đủ và tính chính xác của tình hình và số liệu người nộp thuế được kiểm tra nhập vào hệ thống hỗ trợ kiểm tra.
Điều 34. Chế độ báo cáo.
Ngoài việc phải thực hiện báo cáo đột xuất khi có yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền; định kỳ ngày 15 và ngày cuối cùng của tháng, năm, bộ phận kiểm tra thuế tại cơ quan thuế các cấp phải rà soát, chốt số liệu và sử dụng chính thức kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ kiểm tra để báo cáo. Một số nội dung và yêu cầu cụ thể đối với kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ kiểm tra như sau:
1. Thời điểm chốt số liệu báo cáo.
Do đặc thù của hoạt động kiểm tra mang tính liên tục, chuyển tiếp giữa các kỳ báo cáo nên việc báo cáo phải đảm bảo thời điểm, tính liên tục giữa các kỳ báo cáo, tránh báo trùng, báo sót do việc xác định thời điểm chốt số liệu báo cáo thiếu nhất quán, số liệu báo cáo của từng kỳ báo cáo phải đảm bảo nguyên tắc số liệu đã chót từ kỳ trước đến cuối kỳ báo cáo (báo cáo tháng là kết quả của cả tháng; báo cáo năm là kết quả của cả năm).
2. Các loại báo cáo định kỳ.
a) Kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ kiểm tra được cơ quan thuế cấp dưới tổng hợp, nhập dữ liệu báo cáo theo mẫu số 03/QTKT-MC; mẫu số 04/QTKT-MC và mẫu báo cáo số 05/QTKT-MC ban hành kèm theo Quy trình này (mẫu biểu sẽ được cập nhật tại hệ thống hỗ trợ kiểm tra thuế).
b) Thủ trưởng cơ quan thuế giao cho các công chức, bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra nhập dữ liệu báo cáo kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ kiểm tra thường xuyên, liên tục, kịp thời.
3. Thời gian báo cáo.
a) Báo cáo hàng tháng: Thuế tỉnh, thành phố, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử và Thuế cơ sở nhập dữ liệu báo cáo kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ, kiểm tra trước ngày 01 (một) của tháng sau tháng báo cáo.
b) Báo cáo năm: Thuế tỉnh, thành phố, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử và Thuế cơ sở nhập dữ liệu báo cáo Kết quả thực hiện công tác kiểm tra trên hệ thống hỗ trợ kiểm tra trước ngày 05 (năm) của tháng đầu tiên năm sau năm báo cáo.
4. Hình thức báo cáo.
Báo cáo Kết quả thực hiện công tác kiểm tra là báo cáo từ hệ thống hỗ trợ kiểm tra. Cơ quan thuế các cấp thực hiện chốt số liệu báo cáo tháng theo thời gian báo cáo theo quy định tại khoản 3 Điều này để phục vụ công tác chỉ đạo điều hành công tác kiểm tra và báo cáo kết quả kiểm tra.
Điều 35. Lưu trữ hồ sơ kiểm tra
1. Lưu trữ hồ sơ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế
Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế có trách nhiệm lưu trữ hồ sơ kiểm tra, gồm cỏ:
a) Phiếu nhận xét hồ sơ thuế, Phiếu đề xuất kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế (nếu có), Thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu (lần 1, lần 2).
b) Văn bản, tài liệu giải trình do người nộp thuế cung cấp, Biên bản làm việc với người nộp thuế.
c) Văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình của người nộp thuế và Thông báo hoãn thời gian giải trình của cơ quan thuế (nếu có).
d) Báo cáo kết quả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế; Biên bản kiểm tra thuế (nếu có). Hồ sơ, tài liệu có liên quan.
đ) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc Quyết định xử lý khác có liên quan (nếu có).
2. Lưu trữ hồ sơ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm lập hồ sơ kiểm tra, gồm có:
a) Hồ sơ phân tích rủi ro.
b) Quyết định kiểm tra, Quyết định gia hạn kiểm tra thuế (nếu có); Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra (nếu có); Quyết định giám sát hoạt động của đoàn kiểm tra (nếu có).
c) Biên bản phân công công việc; biên bản công bố quyết định kiểm tra; biên bản kiểm tra; phụ lục biên bản kiểm tra (nếu có); biên bản công khai dự thảo biên bản kiểm tra; ý kiến, giải trình của người nộp thuế (nếu có); các biên bản vi phạm hành chính (nếu có).
d) Báo cáo kết quả kiểm tra; nhật ký kiểm tra; Kết luận kiểm tra hoặc Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế; Quyết định xử phạt vi phạm hành chính khác (nếu có).
đ) Các tài liệu phát sinh khác (nếu có): văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra; văn bản của cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế hoàn thời gian tiến hành kiểm tra; văn bản tạm dừng kiểm tra; văn bản, tài liệu do người nộp thuế cung cấp, giải trình về các nội dung kiểm tra; các văn bản, tài liệu là căn cứ phục vụ kết quả kiểm tra; tài liệu khác có liên quan.
e) Trong thời hạn 01 (một) năm kể từ ngày ký Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật thuế, hoặc Kết luận kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm bàn giao hồ sơ cuộc kiểm tra cho bộ phận, người được giao nhiệm vụ lưu trữ theo quy định của pháp luật và quy chế của cơ quan.
Hồ sơ, tài liệu bàn giao phải được lập thành biên bản (mẫu số 06/QTKT-MC ban hành kèm theo Quy trình này), lưu cùng hồ sơ cuộc kiểm tra.
Chương III
TỔ CHỨC THỰC HIỆN
Điều 36. Trách nhiệm thi hành.
1. Ban Kiểm tra chịu trách nhiệm hướng dẫn, chỉ đạo cơ quan thuế các cấp thực hiện Quy trình này. Ban Quản lý tuân thủ và hỗ trợ người nộp thuế có trách nhiệm xây dựng và hoàn thiện bộ chỉ số, tiêu chí rủi ro để xác định người nộp thuế và hồ sơ thuế cần kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và tại trụ sở người nộp thuế. Ban Công nghệ, chuyển đổi số và tự động hóa có trách nhiệm chuẩn bị cơ sở hạ tầng tin học để đáp ứng thực hiện quy trình.
2. Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp tổ chức, triển khai thực hiện kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của Quy trình này; định kỳ hoặc đột xuất cơ quan thuế cấp trên tổ chức kiểm tra việc thực hiện quy trình của cơ quan thuế cấp dưới và áp dụng các hình thức khen thưởng, kỷ luật theo chế độ quy định.
3. Trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có vướng mắc, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử và các Thuế tỉnh, thành phố kịp thời báo cáo về Cục Thuế để giải quyết.
4. Trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được viện dẫn trong Quy trình này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế đó./.
1. Đoàn kiểm tra (Nhóm phân tích):
a) Trưởng đoàn (Trưởng nhóm): …….. Chức vụ: …………. Bộ phận kiểm tra:
b) Thành viên đoàn kiểm tra (người được giao nhiệm vụ phân tích):
- …………………… Chức vụ …………………….. Bộ phận kiểm tra:
2. Đối tượng được kiểm tra:
a) Tên người nộp thuế:
b) Mã số thuế:
c) Địa chỉ:
d) Số chi nhánh, cơ sở phụ thuộc: (Nếu có):
đ) Niên độ kế toán:
e) Ngành nghề kinh doanh:
1. Tình hình chấp hành và các vi phạm trong các năm gần nhất.
2. Tình hình kiểm tra, thanh tra của cơ quan thuế.
3. Thông tin thu thập được ngoài cơ quan thuế.
……
1. Đối với các trường hợp theo kế hoạch, chuyên đề (trừ hoàn thuế)
a) Phân tích các chỉ tiêu rủi ro trên báo cáo tài chính.
b) Phân tích các chỉ tiêu rủi ro ....
2. Đối với các trường hợp hoàn thuế: thực hiện phân tích thông tin theo nội dung đề nghị hoàn thuế (kiểm tra trước hoàn thuế) hoặc quyết định hoàn thuế (kiểm tra sau hoàn thuế).
3. Các trường hợp khác: thực hiện phân tích thông tin theo nội dung cần kiểm tra.
I. NỘI DUNG DẤU HIỆU, HÀNH VI RỦI RO CHI TIẾT ĐỀ XUẤT KIỂM TRA:
| STT | Nguồn thông tin/Dấu hiệu rà soát | Mô tả cụ thể dấu hiệu rủi ro phát hiện | |
| 1 | Hóa đơn (sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, tờ khai chênh lệch hóa đơn..) | ||
| 2 | Dòng tiền (giao dịch đáng ngờ, dòng tiền không phù hợp với doanh thu khai báo..) | ||
| 3 | Thông tin từ bên thứ 3 (qua phản ánh truyền thông, cơ quan liên quan khác...) | ||
| … | ……….. |
(Trường hợp công chức thuế đề xuất theo danh sách NNT cần kiểm tra thì đính kèm danh sách với đầy đủ các chỉ tiêu nêu trên)
II. ĐỀ XUẤT XỬ LÝ
Đề xuất Lãnh đạo Tổ ghi nhận thông tin rủi ro, đưa NNT vào danh sách người nộp thuế có rủi ro cao qua thực tế quản lý.
Kính trình Lãnh đạo Tổ xem xét phê duyệt./.
| Ý KIẾN CỦA LÃNH ĐẠO BỘ PHẬN | ..., ngày ... tháng ... năm 202... |
| Mẫu số: 02/QTKT-HKD,CNKD (Kèm theo Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 của Cục Thuế) |
| TÊN CƠ QUAN CẤP TRÊN | CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM |
| Số: ………/QĐ-…………. | ..., ngày... tháng... năm ... |
1. Phần ứng dụng hỗ trợ
- Về tình trạng kê khai hồ sơ thuế
Qua tra cứu dữ liệu quản lý thuế, tình trạng kê khai của hộ kinh doanh/cá nhân kinh doanh như sau:
| STT | Nội dung kiểm tra | Kết quả tra cứu/đối chiếu | Nhận xét |
| 1 | Tình trạng nộp hồ sơ khai thuế | Đầy đủ/Thiếu/Không nộp | |
| 2 | Các kỳ đã kê khai | ||
| 3 | Các kỳ chưa kê khai | ||
| 4 | Tình trạng kê khai bổ sung, điều chỉnh | Có/Không | |
| 2 | Tình trạng sử dụng HĐĐT từ máy tính tiền | Có/Không | |
| 3 | Tổng doanh thu trên hóa đơn trong kỳ kiểm tra | ||
| 4 | Tần suất xuất hóa đơn | Thường xuyên/Không thường xuyên/Bất thường | |
| 5 | Chênh lệch giữa doanh thu hóa đơn và doanh thu kê khai | ||
| 6 | Dấu hiệu không xuất hóa đơn đầy đủ, nếu có |
I. Tình hình chấp hành và các vi phạm trong các năm gần nhất:
a) Tình hình nộp các tờ khai thuế:
- Thuế GTGT: …
- Thuế Thu nhập cá nhân:...
b) Tình hình kiểm tra: ...
I. NỘI DUNG DẤU HIỆU, HÀNH VI RỦI RO CHI TIẾT ĐỀ XUẤT KIỂM TRA:
| STT | Nguồn thông tin/Dấu hiệu rà soát | Mô tả cụ thể dấu hiệu rủi ro phát hiện | |
| 1 | Dòng tiền (giao dịch đáng ngờ, dòng tiền không phù hợp với thu nhập khai báo..) | ||
| 2 | Thông tin từ bên thứ 3 (qua phản ánh truyền thông, cơ quan liên quan khác...) | ||
| … | ……… |
(Trường hợp công chức thuế đề xuất theo danh sách NNT cần kiểm tra thì đính kèm danh sách với đầy đủ các chỉ tiêu nêu trên)
II. ĐỀ XUẤT XỬ LÝ
Đề xuất Lãnh đạo Phòng/Tổ ghi nhận thông tin rủi ro, đưa người nộp thuế vào danh sách có rủi ro cao qua thực tế quản lý.
Kính trình Lãnh đạo Phòng/Tổ xem xét phê duyệt./.
| Ý KIẾN CỦA LÃNH ĐẠO BỘ PHẬN... | ..., ngày ... tháng ... năm 202... |
| Mẫu số: 02/QTKT-CN (Kèm theo Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 của Cục Thuế) |
| TÊN CƠ QUAN CẤP TRÊN | CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM |
| Số: ……/QĐ-………… | ..., ngày... tháng... năm ... |
1. Thuế GTGT:
2. Thuế TNCN:
Thuế khác (cán bộ thuế tự ghi):
1. Phần ứng dụng hỗ trợ
……………………………………………………………………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………..
2. Phần ứng dụng không hỗ trợ
……………………………………………………………………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………..