Thông tư liên tịch 2341/2000/TTLT 2341/2000/TTLT/BKHCNMT-BTC ban hành ngày 28/11/2000

1.1 Hoạt động nghiên cứu - Triển khai do doanh nghiệp tự thực hiện hoặc ký kết hợp đồng với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước.

Hoạt động nghiên cứu - triển khai bao gồm các giai đoạn: Nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, triển khai thực nghiệm.

Ranh giới giữa nghiên cứu - triển khai và sản xuất được xác định như sau:

Giai đoạn cuối của hoạt động nghiên cứu - triển khai là tạo ra công nghệ mới, sản phẩm mới và sản xuất thử ở qui mô nhỏ nhằm hoàn thiện công nghệ mới, sản phẩm mới trước khi đưa vào sản xuất và đời sống. Khi quá trình sản xuất thử hoạt động bình thường thì giai đoạn nghiên cứu - triển khai kết thúc.

1.2. ứng dụng các kết quả khoa học và công nghệ, đổi mới công nghệ, sản xuất sản phẩm mới:

- ứng dụng các kết quả của hoạt động nghiên cứu - triển khai vào thực tế;

- ứng dụng các thành tựu khoa học và công nghệ đã có do chuyển giao công nghệ;

- Cải tiến đáng kể công nghệ đã có;

- Sản xuất các sản phẩm mới hoặc các sản phẩm hiện có nhưng đã được cải tiến đáng kể tính năng chất lượng sản phẩm.

1.3. Dịch vụ khoa học và công nghệ: Là những hoạt động gắn liền với hoạt động nghiên cứu - triển khai, hoặc đóng góp vào việc tạo ra, truyền bá, áp dụng, kiến thức khoa học công nghệ. Dịch vụ khoa học công nghệ bao gồm:

2.1. Các doanh nghiệp hoạt động theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) gồm:

2.2. Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và bên nước ngoài tham gia hợp tác kinh doanh trên cơ sở hợp đồng theo Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, bao gồm:

a) Doanh nghiệp có hoạt động khoa học và công nghệ được khuyến khích nêu tại Điểm 1, Mục I tại Thông tư này;

b) Đã đăng ký nộp thuế;

c) Hoạt động đúng ngành nghề đã đăng ký kinh doanh;

d) Thực hiện chế độ hạch toán kế toán theo quy định.

1.1 Doanh nghiệp hoạt động theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) có các hoạt động ứng dụng công nghệ cao, dịch vụ khoa học và công nghệ được áp dụng thuế suất ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nêu tại khoản 1 Điều 3 Nghị định số 119/1999/NĐ-CP.

Hồ sơ đề nghị hưởng thuế suất ưu đãi gồm có:

d) ý kiến của cơ quan quản lý khoa học và công nghệ;

Tài liệu gửi xin ý kiến cơ quan quản lý khoa học và công nghệ gồm có:

- Đối với từng loại doanh nghiệp có các hoạt động ứng dụng công nghệ cao (áp dụng công nghệ sản xuất linh kiện, bộ phận kỹ thuật cao, hoặc dây chuyền công nghệ tiên tiến theo quy định tại điểm 3, mục I, Thông tư số 2345/TT-BKHCNMT ngày 04/12/1998 "Hướng dẫn xác định và công nhận doanh nghiệp công nghiệp kỹ thuật cao hoạt động theo Luật đầu tư nước ngoài"):

+ Doanh nghiệp nhà nước: Báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo đầu tư, thiết kế kĩ thuật được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào hoạt động (nếu chưa có quyết toán);

+ Công ty TNHH, Công ty cổ phần, công ty hợp doanh: báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo đầu tư,  thiết kế kỹ thuật được hội đồng thành viên hay chủ sở hữu phê duyệt và quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào hoạt động (nếu chưa có quyết toán);

+ Doanh nghiệp tư nhân: Thiết kế kĩ thuật, hợp đồng và bản quyết toán hợp đồng đầu tư xây dựng, lắp đặt trang thiết bị. Trường hợp doanh nghiệp tự xây dựng phải xuất trình hoá đơn, chứng từ mua vật tư máy móc thiết bị và thực tế máy móc thiết bị đã được lắp đặt sử dụng theo thiết kế kỹ thuật.

+ Hợp tác xã: Báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo đầu tư, thiết kế kĩ thuật được Ban quản trị phê duyệt và quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào hoạt động (nếu chưa có quyết toán);

- Đối với doanh nghiệp thực hiện dịch vụ khoa học và công nghệ, tài liệu bao gồm:

+ Hợp đồng dịch vụ khoa học và công nghệ;

+ Bản quyết toán hợp đồng.

1.2 Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và bên nước ngoài tham gia hợp tác kinh doanh trên cơ sở hợp đồng theo Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam có dự án đầu tư vào các lĩnh vực ứng dụng và phát triển công nghệ cao, dịch vụ khoa học công nghệ được hưởng các mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 3 Nghị định số 119/1999/NĐ-CP. Mức ưu đãi được ghi cụ thể trong Giấy phép đầu tư.

Đối với các doanh nghiệp được cấp Giấy phép đầu tư trước ngày Nghị định số 119/1999/NĐ-CP có hiệu lực thi hành mà chưa được cơ quan cấp Giấy phép đầu tư điều chỉnh Giấy phép đầu tư thì vẫn thực hiện theo quy định tại Giấy phép đầu tư.

Trường hợp Giấy phép đầu tư không quy định mức ưu đãi mà doanh nghiệp muốn được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định số 119/1999/NĐ-CP thì phải gửi hồ sơ đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

Hồ sơ đề nghị hưởng thuế suất ưu đãi gồm có:

2.1 Các hoạt động được miến thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại khoản 1 Điều 4:

- Thu nhập từ việc thực hiện các hợp đồng nghiên cứu - triển khai.

- Thu nhập từ việc thực hiện các hợp đồng dịch vụ kĩ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp, ngư nghiệp, lâm nghiệp bao gồm:

+ Cung cấp giống cây trồng mới (trước giai đoạn được cho phép sản xuất đại trà), vật nuôi được tạo ra trong nước hoặc do nhập khẩu (trước khi được công nhận là giống tiến bộ kỹ thuật), cung cấp giống nhằm mục đích khảo nhiệm hoặc khu vực hoá;

+ Dịch vụ bảo vệ thực vật (cây nông nghiệp, cây lâm nghiệp, cây dược liệu...);

+ Dịch vụ phòng chống bệnh vật nuôi (dịch vụ thú y, phòng chống bệnh cho gia súc, gia cầm, thuỷ sản nuôi trồng);

+ Hướng dẫn phổ biến kỹ thuật về: Canh tác, thâm canh cây trồng, qui trình chăn nuôi gia súc, gia cầm, nuôi trồng thuỷ sản, bảo quản chế biến các sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thuỷ sản;

+ Hoạt động tư vấn về khảo sát, quy hoạch, kiểm tra chất lượng các công trình thuỷ nông trực tiếp phục vụ nông nghiệp;

+ Hoạt động đo đạc bản đồ phục vụ quy hoạch nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản;

+ Hoạt động phân tích nông hoá, thổ nhưỡng, chất lượng sản phẩm phục vụ trực tiếp người sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản;

+ Các hoạt động khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư khác.

- Thu nhập từ việc đóng góp bằng quyền sở hữu trí tuệ, bí quyết kỹ thuật, qui trình công nghệ.

Hồ sơ đề nghị miễn thuế thu nhập doanh nghiệp gồm có:

2.2 Miễn thuế thu nhập bổ sung quy định tại khoản 2 Điều 4

Các doanh nghiệp thuộc diện ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 119/NĐ-CP không phải nộp thuế thu nhập bổ sung thu nhập cao do lợi thế khách quan mang lại từ các hoạt động khoa học và công nghệ, áp dụng theo quy định tại khoản 1 Điều 10 của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

2.3 Miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại khoản 3 Điều 4

Hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:

2.4  Miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và bên nước ngoài tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh theo Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam theo quy định tại Khoản 4 Điều 4:

Hồ sơ đề nghị miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp gồm có:

2.5 Trình tự và thời hạn xem xét miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp:

a) Công văn đề nghị của doanh nghiệp;

b) Quyết định thành lập (nếu có) và giấy đăng ký kinh doanh (bản sao có công chứng hoặc bản sao có ký tên, đóng dấu của doanh nghiệp);

c) Tờ khai đăng ký thuế;

d) Quyết định giao đất của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền hoặc hợp đồng thuê đất;

e) ý kiến của cơ quan quản lý khoa học và công nghệ;

Tài liệu gửi xin ý kiến của cơ quan quản lý khoa học và công nghệ của từng loại doanh nghiệp theo quy định tại điểm 1.1 - d, Mục II tại Thông tư này.

a) Đơn đề nghị được hưởng ưu đãi về tiền thuê đất theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về tiền thuê đất áp dụng đối với đầu tư nước ngoài tại Việt Nam có đầy đủ chữ ký của người đại diện hợp pháp và con dấu của doanh nghiệp;

b) Giấy phép đầu tư (bản sao có công chứng hoặc bản sao có ký tên, đóng dấu của doanh nghiệp);

c) Tờ khai đăng ký thuế;

d) Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thuê (bản sao có công chứng hoặc bản sao có ký tên, đóng dấu của doanh nghiệp);

e) ý kiến của cơ quan quản lý khoa học và công nghệ;

Tài liệu gửi xin ý kiến của cơ quan quản lý khoa học và công nghệ gồm:

Báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo đầu tư, thiết kế kỹ thuật được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào hoạt động (nếu chưa có quyết toán);

2.1. Đối tượng hỗ trợ:

Ngoài các đề tài nghiên cứu khoa học mà doanh nghiệp tham gia tuyển chọn theo quy chế chung, các nhiệm vụ do Nhà nước đặt hàng, nếu doanh nghiệp có đề tài nghiên cứu khoa học tạo ra công nghệ mới thuộc những ngành nghề Nhà nước ưu tiên khuyến khích (Phụ lục 5) do doanh nghiệp thực hiện, hoặc phối hợp với các cơ quan khoa học thực hiện thì sẽ được Nhà nước hỗ trợ kinh phí tối đa không quá 30% tổng kinh phí thực hiện đề tài.

2.2. Tổ chức xét chọn:

Hàng năm Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường thông báo trên phương tiện truyền thông đại chúng danh mục các lĩnh vực nghiên cứu khoa học công nghệ thuộc những ngành nghề Nhà nước ưu tiên khuyến khích doanh nghiệp thực hiện hoặc phối hợp với các cơ quan khoa học thực hiện và thời hạn nộp đơn đề nghị Nhà nước hỗ trợ kinh phí nghiên cứu khoa học.

Các doanh nghiệp căn cứ vào nhiệm vụ nghiên cứu khoa học phục vụ sản xuất kinh doanh của mình và doanh nghiệp các lĩnh vực nghiên cứu khoa học công nghệ mà Nhà nước khuyến khích để làm hồ sơ đề nghị Nhà nước hỗ trợ kinh phí.

Hồ sơ đề nghị hỗ trợ kinh phí gồm có:

2.3. Nhiệm vụ và trách nhiệm của các cơ quan quản lý và doanh nghiệp được hỗ trợ kinh phí nghiên cứu khoa học:

Sau khi có thông báo về đề tài nghiên cứu khoa học được Nhà nước quyết định hỗ trợ kinh phí, doanh nghiệp phải mở tài khoản tiền gửi tại Kho bạc Nhà nước nơi đóng trụ sở chính theo quy định của Giám đốc Kho bạc nhà nước tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và thông báo số tài khoản Kho bạc cho Bộ Tài chính biết để cấp kinh phí hỗ trợ.

Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường và doanh nghiệp được hỗ trợ kinh phí phải kí hợp đồng thực hiện theo mẫu quy định để triển khai thực hiện.

Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ chi tiêu đối với kinh phí sự nghiệp khoa học theo đúng quy định hiện hành về tài chính cho khoa học và công nghệ. Kinh phí hỗ trợ này không phải chịu thuế.

Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan kiểm tra việc sử dụng kinh phí hỗ trợ đúng mục đích và hiệu quả. Trong trường hợp phát hiện doanh nghiệp sử dụng kinh phí sai mục đích, cơ quan cấp kinh phí có quyền dừng cấp hoặc thu hồi kinh phí đã cấp.

Hàng năm doanh nghiệp được hỗ trợ kinh phí phải làm báo cáo định kì theo mẫu quy định (Phụ lục 3) gửi Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường và Bộ Tài chính. Trên cơ sở báo cáo, cơ quan hỗ trợ kinh phí mới quyết định cấp tiếp kinh phí theo kế hoạch được duyệt.

Khi kết thúc đề tài nghiên cứu khoa học, doanh nghiệp chủ trì đề tài nghiên cứu khoa học phải có tổ chức nghiệm thu đánh giá kết quả khoa học và công nghệ đạt được và tình hình sử dụng kinh phí được hỗ trợ từ ngân sách. Sau thời hạn 15 ngày kể từ khi Hội đồng nghiệm thu kết thúc, doanh nghiệp phải gửi báo cáo kết quả đạt được của đề tài nghiên cứu khoa học theo mẫu quy định (Phụ lục 4), kèm theo biên bản của Hội đồng nghiệm thu gửi Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường. Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường và doanh nghiệp sẽ tổ chức nghiệm thu và thanh lý hợp đồng.

Doanh nghiệp có quyền yêu cầu các cơ quan liên quan đến việc hỗ trợ kinh phí từ ngân sách bảo vệ thông tin thuộc đề tài nghiên cứu khoa học mà doanh nghiệp thực hiện vì lợi ích của doanh nghiệp.